U2OS细胞CCCP诱导线粒体损伤及药物洗脱恢复的时间序列RNA-seq
数据覆盖线粒体损伤与恢复两个阶段的转录组变化，可用于研究细胞应激响应、线粒体功能相关基因表达动态以及恢复过程中的转录调控，适合开展时间序列表达分析、差异表达与趋势建模等工作（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
U2OS细胞CCCP诱导线粒体损伤及药物洗脱恢复的时间序列RNA-seq
该数据集为一项时间序列 RNA 测序研究，英文名称为 PRJNA1507420: Time-series RNA-seq of U2OS cells following CCCP-induced mitochondrial damage and recovery upon drug washout，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库（编号 1507420）。研究以 U2OS 细胞为对象，通过 CCCP 诱导线粒体损伤，并在药物洗脱后观察恢复过程，采集覆盖损伤与恢复两个阶段的转录组数据。数据主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站分类归入化学诱发性障碍 / 其他。整体上，该数据集可用于刻画细胞在应激与恢复过程中的基因表达动态，为线粒体功能相关研究、时间序列表达分析、差异表达与趋势建模等提供转录组层面的数据基础。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject 数据库。BioProject 是围绕某一项研究计划而汇集的一组生物学数据，通常由单一机构或联合体发起，其记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集对应的研究计划聚焦于 U2OS 细胞在 CCCP 诱导下线粒体损伤及药物洗脱后恢复的转录组变化，属于化学诱发性障碍相关研究方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。
【数据内容】
数据为时间序列 RNA-seq，覆盖线粒体损伤与恢复两个阶段的转录组变化。研究对象为 U2OS 细胞，处理方式为 CCCP 诱导线粒体损伤，随后通过药物洗脱进入恢复阶段。数据主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容属于转录组或基因表达范畴。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、时间点设置、测序平台、读长、重复数等具体细节。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Time-series RNA-seq of U2OS cells following CCCP-i... (ID 1507420) - BioProject - NCBI”。该记录属于 BioProject 体系，BioProject 记录本身提供指向该项目所生成各类数据的链接入口。关于具体的采集地点、采集时间、实验操作流程、建库方法等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于研究细胞应激响应、线粒体功能相关基因表达动态以及恢复过程中的转录调控。适合开展时间序列表达分析、差异表达分析与趋势建模等工作。由于覆盖损伤与恢复两个阶段，也可用于比较不同阶段之间的转录组差异，探索恢复过程中基因表达的变化模式。上述适用方向基于数据覆盖线粒体损伤与恢复两个阶段的转录组变化这一线索。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。用户可依据 BioProject 记录所提供的链接入口查找该项目生成的各类数据。关于数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具等，源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应等方面的具体信息。该数据集为特定细胞系在特定处理条件下的时间序列转录组数据，其结论外推至其他细胞类型或处理条件时需谨慎。除上述内容外，源站未提供其他质量与限制说明。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1507420
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
线粒体持续暴露于损伤之中，这种损伤会导致衰老和疾病。虽然长期线粒体损伤会触发线粒体自噬，但细胞如何应对短暂损伤仍不清楚。为了研究短暂线粒体损伤及随后恢复背后的转录程序，我们对经线粒体解偶联剂CCCP处理的人U2OS细胞进行了时间序列RNA-seq分析。共分析四组：未处理对照（WT）、50 μM CCCP处理30分钟（CCCP）、50 μM CCCP处理30分钟后洗脱1小时（W1H）、50 μM CCCP处理30分钟后洗脱6小时（W6H）。每种条件均进行三次重复分析。该数据集揭示了线粒体损伤与恢复过程中的动态转录景观，突出显示了促进线粒体修复的应激反应性转录因子和抗氧化防御通路的激活。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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