phs000970:汞与肠道微生物群

该数据集为 NCBI dbGaP 收录的 phs000970 研究,主题为汞与肠道微生物群,采用横断面设计,属于化学诱发性障碍及其他类别

dbgap
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基因组分类Cross-Sectional
phs000970: Mercury and Gut Microbiota

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

phs000970:汞与肠道微生物群

phs000970: Mercury and Gut Microbiota 是 NCBI dbGaP 收录的一项研究数据集,主题聚焦于汞暴露与肠道微生物群之间的关系,采用横断面研究设计。该数据集在分类上归属于化学诱发性障碍及其他类别,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。作为 dbGaP 平台上的研究资源,它围绕汞这一化学因素与肠道微生物群落的关联展开,横断面设计意味着研究在某一特定时间点或时间段内对参与者进行观察和样本采集,而非进行长期纵向追踪。该数据集可用于探索环境化学暴露与人体微生物组之间的潜在联系,为相关领域的二次分析提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI dbGaP,研究编号为 phs000970,英文名称为 Mercury and Gut Microbiota。其主题围绕汞与肠道微生物群展开,属于化学诱发性障碍及其他类别。dbGaP 是美国国家生物技术信息中心维护的基因型与表型数据库,收录各类与人类遗传和健康相关的研究数据。该研究采用横断面设计,表明其关注的是在特定时间截面上的暴露与微生物群特征分布,而非随时间变化的因果追踪。源站描述仅标明其为 dbGaP 研究且为横断面设计,未提供更多关于研究动机、科学假设或立项背景的细节。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Cross-Sectional,即横断面。研究内容涉及汞与肠道微生物群两个核心要素,但源站未提供具体的样本数量、参与者人口学特征、汞暴露测量方式、微生物群测序平台或具体菌群分类等信息。数据集中可能包含的表型变量、基因型数据或微生物组数据的具体构成,源站未提供。因此,无法从现有信息中确定该数据集包含哪些具体的测量指标、数据文件类型或变量字段。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 dbGaP 收录的研究。源站描述仅说明其为 dbGaP 研究且为横断面设计,未提供样本采集地点、采集时间、参与者招募方式、伦理审批信息或样本处理流程等细节。关于数据的具体采集机构、研究团队或资助来源,源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集的主题和设计,其潜在适用场景可能包括:环境化学暴露与肠道微生物群关联的二次分析、横断面研究中汞暴露与微生物组特征的描述性统计、以及作为化学诱发性障碍相关研究的参考数据。然而,由于源站未提供具体变量和样本信息,无法进一步明确其适用的具体分析类型或研究问题。任何使用该数据集的研究都需自行核实其变量定义和数据结构。

【使用方法】

该数据集通过 NCBI dbGaP 平台发布,通常 dbGaP 数据需要经过申请和审批流程才能获取。但源站未提供该数据集的具体访问权限、申请步骤、数据下载格式或分析工具要求。因此,关于如何获取和使用该数据集的具体方法,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集采用横断面设计,这一设计本身无法用于推断因果关系,只能提供特定时间点的关联信息。此外,源站未提供样本量、数据完整性、测量误差或混杂因素控制等信息,因此无法评估其数据质量或具体限制。使用者在分析时需注意横断面设计的固有局限,并自行核实数据适用性。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议或使用条款,源站未提供。使用者应参考 NCBI dbGaP 平台的一般引用规范和数据使用政策,但该数据集的具体引用要求需以源站发布的信息为准。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000970

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

dbGaP study (Cross-Sectional).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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