OculusGraphy ERG — 323 人 1,975 条 ISCEV 标准全视野视网膜电图信号数据库

叶卡捷琳堡眼科显微手术中心 Tomey EP-1000 采集的五类全视野 ERG(暗适应/明适应/最大反应/闪烁/振荡电位),2 kHz 采样、成人加儿童双队列;IEEE DataPort 注册即取,2022–2024 年多篇方法论文的地基

来源 叶卡捷琳堡 IRTC Eye Microsurgery Center 用 Tomey EP-1000 工作站采集的五类全视野 ERG 原始波形,2 kHz 采样、0.1–300 Hz 带通;IEEE DataPort DOI 10.21227/y0fh-5v04 与 10.21227/r1wb-pg25发布时间: 2026-10-17最后更新: 2026-10-20 阅读 19
OculusGraphy ERG — 323 人 1,975 条 ISCEV 标准全视野视网膜电图信号数据库

信息速览

数据集名称OculusGraphy ERG — 323 人 1,975 条 ISCEV 标准全视野视网膜电图信号数据库
数据类型原始信号,临床数据,公开基准
规模323 名受试者(成人 + 儿童混合队列;儿童与成人分列统计,未见双眼/单眼明细)
接入方式叶卡捷琳堡 IRTC Eye Microsurgery Center 用 Tomey EP-1000 工作站采集的五类全视野 ERG 原始波形,2 kHz 采样、0.1–300 Hz 带通;IEEE DataPort DOI 10.21227/y0fh-5v04 与 10.21227/r1wb-pg25
AI 就绪度

INFOBOX — oculusgraphy-erg 一屏速览

维度 内容
本质 全视野视网膜电图(ffERG)原始波形的功能性电生理信号库,不是图像库
官方名 OculusGraphy: Pediatric and Adults Electroretinograms Database
别名页 OculusGraphy: Ophthalmic Electrophysiological Signals Database(DataPort 另一记录页,同一库)
出处 IEEE DataPort,DOI 10.21227/y0fh-5v04 与 10.21227/r1wb-pg25
代表论文 USBEREIT 2023 pp.64–67(库描述);Appl. Sci. 2022, 12:12365(小波尺度图);Bioengineering 2024, 11(9):866(STFT + ViT)
采集设备 Tomey GmbH EP-1000 计算机化电生理工作站
采集地 俄罗斯叶卡捷琳堡,IRTC Eye Microsurgery Center
规模 323 名受试者 / 1,975 条信号(成人 + 儿童)
协议 五类:暗适应 2.0、明适应 2.0、最大反应 2.0、明适应 2.0 闪烁、暗适应振荡电位
采样 2 kHz,带通 0.1–300 Hz,单条 约 200–250 ms,DTL 纤维电极
载体 Excel(v2.xlsx,12.02 MB),开放获取、注册下载
库内近邻 cornorb(角膜地形图,形态学)、oct2017(311)(视网膜结构)、grape-glaucoma(860)(视野功能)
一句话消歧 本条目是"视网膜细胞对光的电反应",是时间序列;cornorb 是"角膜表面的彩色地形图",是图像。一个是功能,一个是形态

§0 导读:这个数据集解决什么问题

眼科 AI 的公开数据版图有一个明显的偏斜:结构影像多,功能信号少。眼底彩照、OCT、OCTA、角膜地形图、视野图——这些"看得见形状"的模态,公开数据集动辄上万例;而视网膜到底能不能正常工作这件事,临床上主要靠电生理来回答,公开可用的原始波形却屈指可数。OculusGraphy 补的正是这块空白。

视网膜电图(electroretinography, ERG)的原理不复杂:让眼睛看一次闪光,视网膜外层的感光细胞与内层的双极细胞、无长突细胞、神经节细胞会依次产生电位变化,把电极贴在角膜上就能把这些微伏级变化记录下来。波形上最先出现的是向下(负向)的 a 波,反映感光细胞外段的功能;紧随其后的向上(正向)b 波,反映双极细胞与 Müller 细胞的活动;b 波下降支上叠加的一串高频小波是振荡电位(oscillatory potentials, OP),与无长突细胞的抑制性环路相关;在明适应条件下用快速闪烁刺激,还能单独测量视锥通路的闪烁反应(flicker response)。这套分工使得 ERG 能在"结构还看得过去"的时候先发现功能异常——视网膜色素变性、先天性静止性夜盲、视锥营养不良、中毒性视网膜病变、青光眼早期,都能在 ERG 上留下痕迹。

OculusGraphy 提供的正是这样一批原始波形:323 名成人与儿童受试者,共 1,975 条记录,覆盖五类 ISCEV 体系内的刺激协议,全部在叶卡捷琳堡眼科显微手术中心用同一台 Tomey EP-1000 工作站采集,2 kHz 采样。它不是最大的 ERG 数据集,但它有一个罕见的组合:成人加儿童双队列、五协议齐全、原始波形公开、并且已经有一串方法学论文围绕它做参照系。

导读读法三则:

  1. 想把这份数据当作信号分类的练手集:直奔 §2 与 §4。五类协议天然构成一个分类任务,1,975 条规模对深度模型偏小,但对经典机器学习与特征工程刚好够用;要小心的是类别不平衡与信号长度不齐。
  2. 想用它做疾病诊断模型:先读 §5 与 §9。这份库的标注是"健康/病理"二元归属,没有病种、没有分期,直接训诊断模型会把不同疾病混成一个"病"类;它的真实价值在于正常值基线与特征方法验证。
  3. 怕和 cornorb 或 OCT 类条目搞混:直奔 §8.1。ERG 是时间域的一维电信号,回答"功能行不行";cornorb 是空间域的二维彩色地形图,回答"形态像不像圆锥角膜";OCT 是结构断层,回答"层厚对不对"。三者模态互不替代。

§1 数据集速览:十问十答

Q1:OculusGraphy 这个名字是什么意思?
“Oculus”(眼)+ “graphy”(记录),直译"眼记录"。它不是某个公司的产品名,而是这个研究组给自己建的 ERG 数据库起的系列名——同族里还出现过"OculusGraphy: Norms for electroretinogram signals"(2021)、“OculusGraphy: Description of Electroretinograms Database”(2021)等多个标题变体,指的都是同一批采集数据的逐步披露与方法论文。

Q2:1,975 条与 323 人是同一口径吗?
是,但要注意"条"不是"人"。1,975 是信号条数,323 是受试者人数。一名受试者可以做多类协议、可以做双眼,因此人均记录数约为 6.1 条——这个数字本身就是一个重要提示:数据里既有"单人单协议"的稀疏记录,也有"单人五协议双眼"的完整记录,做划分时必须按人分组,不能按条随机切。

Q3:为什么说它是"ISCEV 标准"的?
国际视觉电生理学会(International Society for Clinical Electrophysiology of Vision, ISCEV)自 1989 年起陆续发布全视野 ERG 的标准协议,最新为 2022 版。OculusGraphy 的五类刺激——暗适应弱闪光、暗适应强闪光(最大反应)、明适应单闪、明适应 30 Hz 闪烁、暗适应振荡电位——正是 ISCEV 标准方案的标准组合。需要注意的是,数据库内部的协议命名沿用了设备软件的写法("Scotopic 2.0""Maximum 2.0"“Photopic 2.0”),与文献里常见的 DA 0.01 / DA 3.0 / LA 3.0 命名不完全对应,混用时必须做映射。

Q4:波形有多长?采样多密?
采样率 2 kHz,即每毫秒 2 个点;单条信号时长最长约 250 ms,多数分析中截到 100 ms。按 250 ms 满长算,一条信号最多 500 个采样点;按 100 ms 算则是 200 个点。这个量级对深度学习来说是"极小样本",对经典特征工程(峰谷提取、频带能量、小波系数)则刚好合适。

Q5:为什么五类信号的条数差这么多?
因为临床开单不是均匀的。最大反应(Maximum 2.0)是筛查主力,条数最多;振荡电位(OP)需要额外的滤波与判读,临床上开得最少,数据库里只有 20 条。这直接决定了五分类任务不可做——OP 类样本量太小,任何分层划分都会让某一折里出现零样本。

Q6:儿童数据占多少?
按 Appl. Sci. 2022 披露的子集统计,五类协议中儿童条数均多于成人:最大反应 80 对 42、明适应 74 对 32、闪烁 63 对 38、暗适应 53 对 23。这个偏斜不是随机波动,而是该中心儿童电生理开单量本身就高(儿童视觉发育评估、先天性视网膜病变筛查)。

Q7:标签是什么粒度?
只有健康(healthy)/ 病理(pathological)二元归属,外加年龄组(儿童/成人)。没有病种、没有分期、没有视力、没有基因型。这一点在数据库描述论文里写得很清楚,也是它作为"诊断数据集"的最大短板——它更像一个带粗标签的信号方法验证集。

Q8:数据长什么样?怎么下载?
以 Excel 表(.xlsx)承载,v2 版文件 12.02 MB。IEEE DataPort 开放获取,注册账号后即可下载,无需申请、无需签署 DUA。使用时须引用 Zhdanov 等 2022 年 Appl. Sci. 论文。

Q9:有官方基线吗?
没有统一的 leaderboard,但有一串可复现的方法论文:小波尺度图 + 决策树(2022)、STFT + 决策树/随机森林/ViT(2024)、聚类方法对照(IFMBE)。这些论文报告的是"相对提升"或"特定划分下的准确率",不是标准基准。

Q10:这份数据和 cornorb 是什么关系?
没有血缘关系,只有器官重叠。cornorb 是 744 名患者 1,454 只眼的角膜地形图(形态学图像 + 临床表,圆锥角膜二分类);oculusgraphy-erg 是 323 人的视网膜电图(功能信号,健康/病理)。一个在角膜前表面,一个在视网膜内层;一个是 PNG,一个是时间序列。两者同属眼科,但不可互换、不可合并、不可互作外部验证。

§2 数据构成与规格

2.1 五类协议:一份标准的"视网膜功能体检表"

ISCEV 全视野 ERG 的核心设计思想是用不同的适应状态与刺激强度,把视网膜的不同细胞通路分开考。OculusGraphy 的五类信号正对应这张"体检表"的五道题:

库内命名 标准命名对应 适应状态 主要反映 子集条数(儿童/成人)
Scotopic 2.0 ERG DA 弱闪光(约 DA 0.01) 暗适应 ≥20 min 视杆通路整体功能 53 / 23
Maximum 2.0 ERG DA 强闪光(DA 3.0) 暗适应 视杆 + 视锥混合最大反应 80 / 42
Photopic 2.0 ERG LA 单闪(LA 3.0) 明适应 ≥10 min 视锥通路单闪反应 74 / 32
Photopic 2.0 Flicker LA 30 Hz 闪烁 明适应 视锥通路的快速跟随能力 63 / 38
Scotopic 2.0 OP DA 振荡电位 暗适应 无长突细胞抑制性环路 20(未分年龄)

表中条数为 Appl. Sci. 2022 披露的子集(合计 425 条),不是全库 1,975 条的逐类拆分;全库逐类条数未见公开,属遗留疑点。

2.2 波形成分:a 波、b 波、OP 与 PhNR

判读 ERG 波形的人,眼睛其实只盯几个点:

  • a 波幅值(a-wave amplitude):从基线到 a 波谷底的垂直距离,单位微伏。它衡量感光细胞外段的电荷分离能力,是视网膜色素变性最早受累的指标之一。
  • a 波潜伏期(implicit time):从闪光触发到 a 波谷底的时间,正常值在十几毫秒量级。潜伏期延长往往提示光转导级联变慢。
  • b 波幅值:从 a 波谷底到 b 波峰顶的距离。它反映双极细胞与 Müller 细胞对感光细胞输出的放大。b/a 比值是临床最常用的判别量之一:比值下降提示内层传递受损(如先天性静止性夜盲、X 连锁视网膜劈裂)。
  • b 波潜伏期:从闪光到 b 波峰顶,正常在 40–50 ms 量级。
  • 振荡电位(OP):b 波上升支与下降支上的 3–5 个小峰,需 75–300 Hz 带通滤波后单独提取。它的幅度对糖尿病视网膜病变的缺血程度敏感。
  • 闪烁反应幅值:30 Hz 闪烁下波形的峰谷差,反映视锥通路的时相跟随能力。
  • PhNR(photopic negative response):b 波之后的一个缓慢负向成分,来源于视网膜神经节细胞。它不是 OculusGraphy 五类协议中单独列出的项目,但明适应单闪信号里天然含有,是通往青光眼功能评估的桥梁。

2.3 载体与字段结构

原始发布物是一张 Excel 表(v2 版 12.02 MB)。从方法论文的使用方式可以反推其结构:

  • 一行一条信号:每行对应"某受试者 × 某只眼 × 某协议"的一次记录。
  • 元数据列:协议类型、年龄组、诊断归属,以及受试者与记录编号。
  • 幅度序列列:2 kHz 采样下 200–500 个连续的幅度值(微伏量级)。
  • 无原始阻抗、无电极型号记录列:这意味着跨记录的信号质量差异无法从表中直接校正。

由于官方未公开逐列字段说明,上述结构为依据论文使用方式的推断,具体列名以下载文件为准。这一点在 §9 中列为遗留疑点。

2.4 与另两个"功能类"眼科数据的关系

库内已有的功能类眼科条目主要是视野类(如 grape-glaucoma 860 的纵向视野随访)与视力/屈光类。视野测的是"看得见多大范围",ERG 测的是"视网膜产生多少电反应",前者是心理物理阈值,后者是客观电生理。两者都属功能评估,但一个需要患者配合按键,一个不需要——这正是 ERG 在儿童与配合不良患者中的独特价值。

2.5 体量与"人均 6.1 条"的含义

1,975 / 323 ≈ 6.1。这个数字背后是三种可能的记录模式:

  1. 完整方案:一名受试者做五类协议 × 双眼 = 10 条。
  2. 单协议双眼:如只做最大反应,2 条。
  3. 单眼单协议:1 条(另一眼因故未查)。

这意味着表中同一受试者的多条记录高度相关,直接在信号级随机划分训练/测试集,会让测试集里出现"训练集同一人另一只眼/另一协议"的样本。这类泄漏在生理信号文献里极其常见,也是评估结论虚高的主要来源之一。

§3 团队、机构与合作谱系

3.1 一个"工程学院 + 眼科医院"的典型组合

OculusGraphy 的作者阵容呈现出清晰的分工:

  • 乌拉尔联邦大学(Ural Federal University, UrFU) 信息技术、电信与控制系统工程学院:Aleksei E. Zhdanov(项目主导)、Anton Yu. Dolganov、Vasilii I. Borisov、Mikhail Ronkin、Leonid Dorosinsky。他们负责信号处理、特征工程与机器学习建模。
  • 叶卡捷琳堡眼科显微手术中心(IRTC Eye Microsurgery Ekaterinburg Center):Vyacheslav O. Ponomarev(诊断科)、Victor N. Kazaijkin(玻璃体视网膜外科)、Alexander V. Lizunov(功能诊断与治疗控制)。他们负责临床采集、诊断判读与协议执行。
  • 埃尔朗根-纽伦堡大学(FAU) 人工智能生物医学工程系:Zhdanov 兼挂、Dario Zanca、Andreas Maier。提供深度学习与医学影像分析的方法学支持。

这种"工科出方法、医院出数据"的组合,是东欧与俄罗斯医学 AI 数据集生产的典型形态:临床中心有稳定的检查量,工程院校有建模能力,双方的合作产出往往以会议论文 + 期刊论文的阶梯形式披露。

3.2 合作网络的国际延伸

后续论文的作者名单扩展到多个国家:Mikhail Kulyabin(韩国世宗大学)、Paul A. Constable(澳大利亚弗林德斯大学,视光与视觉科学)、Mohammed A. Al-Masni(约旦科技大学)、Faisal B. Albasu(UrFU 与世宗双挂)、Evdochim Lucian(Infineon Technologies Romania)、Xinqi Bao(伦敦国王学院)。这说明该数据库已经跳出单一课题组的自用范围,成为跨国合作的方法学试验床。

3.3 资助与合规

论文明确致谢俄罗斯联邦科学与高等教育部(UrFU Priority-2030 发展计划),以及 DAAD 的双边联合培养博士资助(Zhdanov)。伦理方面,Appl. Sci. 2022 声明已获得所有受试者知情同意,IRB 审查标注为"不适用"——这在回顾性使用临床检查数据的场景中常见,但也意味着伦理审查的细节无法从公开文献核验。

3.4 发表路径:会议先、期刊后

OculusGraphy 的披露节奏很典型:

  1. 2020-09:IEEE DataPort 首次发布数据库(DOI 10.21227/y0fh-5v04)。
  2. 2021:IEEE EDM 会议发表"正常值"论文;USBEREIT 2021 发表库描述论文。
  3. 2022-12:Appl. Sci. 发表小波尺度图分析方法论文,同时在数据可用性声明里再次指向 DataPort DOI。
  4. 2023-05:USBEREIT 2023 发表时域分析论文,给出"1,975 条 / 323 人"的总量口径。
  5. 2024:USBEREIT 2024 与 Bioengineering 相继发表 STFT 系列分类论文。

这条路径说明:数据库是"基础设施",论文是"使用说明书"。对使用者而言,把这几篇论文串起来读,比单看任何一篇都更能理解数据的边界。

§4 数据规模、类别分布与质量硬数字

4.1 总量口径

指标 数值 来源
受试者数 323 USBEREIT 2023 摘要
信号条数 1,975 USBEREIT 2023 摘要
信号条数(DataPort v2 页) 1,974 IEEE DataPort 2022 记录页
协议类别 5 全部论文一致
采样率 2 kHz Bioengineering 2024
带通 0.1–300 Hz Bioengineering 2024
单条时长 ≤250 ms(多截 100 ms) Appl. Sci. 2022 / Bioengineering 2024
文件体量 12.02 MB(xlsx) IEEE DataPort
人均记录 ≈6.1 条 1,975 / 323

4.2 年龄与协议交叉分布

按 Appl. Sci. 2022 的子集统计(425 条):

协议 儿童 成人 儿童占比
Maximum 2.0 80 42 65.6%
Photopic 2.0 74 32 69.8%
Photopic Flicker 63 38 62.4%
Scotopic 2.0 53 23 69.7%
OP 20(合计) — —

儿童占比在 62%–70% 之间,这不是一个小偏斜,而是决定了数据集的"性格":它本质上是一个以儿科为主的 ERG 库,成人数只是补充。任何声称"在成人 ERG 上验证"的研究,用到这份数据时都必须核对实际取用的成人条数。

4.3 诊断分布与不平衡量级

Appl. Sci. 2022 的分析子集里:儿童 65 条(健康 26 / 病理 39),成人 38 条(健康 11 / 病理 27)。合并后健康 37 / 病理 66,阳性率约 64%。

Bioengineering 2024 使用 DA2(Scotopic Maximum)120 条信号时明确写道:不健康样本数量是健康样本的两倍以上,需用 imbalanced-learn 的 A11KNN 欠采样做平衡。这个 2:1 到 2.5:1 的不平衡度,在生理信号二分类里属于"中等偏重",直接训练会让模型偏向多数类,AUC 与 F1 的差距会被拉大。

4.4 信号质量与长度的一致性

原始信号最长约 250 ms,但多数样本约 100 ms。Bioengineering 2024 的处理方式是把长信号截断到 100 ms 以保持一致。这个选择有代价:ERG 的 b 波峰顶通常在 40–50 ms,100 ms 窗口刚好能覆盖 b 波与部分 OP,但会切掉 PhNR 与晚期慢成分。如果研究目标是神经节细胞功能,100 ms 截断就是硬伤。

4.5 为什么"人均 6.1 条"是个风险信号

前文已述,多协议、双眼的记录模式会让同一人的信号大量出现。Bioengineering 2024 的处理是在原始信号层面做 70:20:10 划分——这在技术上避免了"同一信号被切成多段后跨集",但没有避免同一受试者跨集。以 120 条样本、323 人的母体来看,分层抽样后测试集里出现训练集同人的概率并不低。这是这份数据在评估严谨性上最需要使用者自行补课的地方。

4.6 质量硬数字小结

  • 可用样本量:做五分类时有效样本 ≈ 1,975;做二分类时受限于有明确诊断归属的条数(论文子集中约 103 条),远小于总量。
  • 协议覆盖完整度:四类协议各有数十至百余条,OP 仅 20 条,五分类中 OP 类基本只能做"出示样例"。
  • 设备一致性:单台 EP-1000、单中心,硬件一致性极高;这既是优点(无域偏移)也是缺点(无泛化证据)。

§5 任务定义与标注协议

5.1 任务的三个层次

这份数据可以支撑三类任务,难度与合法性依次递减:

  1. 协议分类(五分类/四分类):给定一条波形,判断它属于哪类刺激协议。这是"信号本身长什么样"的任务,不涉及临床判断,标签绝对可靠。最适合作为方法学基线。
  2. 健康/病理二分类:给定一条协议已知的波形,判断来自健康眼还是病理眼。这是论文实际做的任务,但受限于:标签粒度粗、类别不平衡、受试者级泄漏风险。
  3. 正常值建模(normative modeling):按协议 × 年龄组建模健康人群的参数分布,把偏离度作为异常分数。这是最贴合数据实际结构的任务,也是作者 2021 年 EDM 论文的方向。

5.2 标注从哪来

标签来自临床电生理诊断的判读结果,不是众包、不是自动阈值。具体流程在公开文献中没有逐步描述,但可以从机构构成推断:由 IRTC 眼科显微手术中心的功能诊断科(Ponomarev、Lizunov)依据 ISCEV 判读规范给出"健康/病理"归属,并记录年龄组。

这种标注方式的优点是专业性可靠,缺点是不可复核:没有双人独立判读的一致性系数(Cohen’s κ),没有分歧裁决记录,也没有病种细分。使用者无法判断"病理"里到底混了哪些病、比例如何。

5.3 标签的三处模糊地带

  • "病理"是一个大口袋:视网膜色素变性、视锥营养不良、先天性静止性夜盲、糖尿病视网膜病变、青光眼、中毒性视网膜病变——它们的 ERG 表现方向完全不同(有的 a 波先掉,有的 b 波先掉,有的只有 OP 减弱)。把它们混成一个正类,等于要求模型学一个"什么都不对"的联合分布。
  • 单眼患病 vs 双眼患病未区分:如果一名受试者一眼正常一眼患病,健眼是否被计入健康类?文献未说明。
  • 年龄组边界:儿童与成人的分界年龄未公开。ERG 参数在青春期前后变化明显,边界不清会让正常值建模出现断层。

5.4 参数标注 vs 原始波形

数据库同时提供两种可用形态:原始波形(幅度序列)与可提取的经典参数(a/b 波幅值与潜伏期)。前者适合端到端学习,后者适合小样本可解释建模。Appl. Sci. 2022 的做法是两条腿走路:传统特征(CF:a、b、lₐ、l_b)与小波尺度图特征(WA)分别建树,再拼接对比。这种"手工参数 + 时频图像"的双轨设计,在样本量只有百余条的场合是最务实的方案。

5.5 推荐的标注增强

如果要在自己的研究里用这份数据,建议补三层元数据:

  1. 受试者 ID 哈希:用于做 GroupKFold,杜绝跨人泄漏。
  2. 协议标准化映射:把 Scotopic 2.0 / Maximum 2.0 等设备命名统一映射到 ISCEV 的 DA 0.01 / DA 3.0 / LA 3.0。
  3. 质量标记:对每条波形做基线漂移、50/60 Hz 工频干扰、削顶(饱和)检测,标记为可用/可疑。

5.6 一个必须说清的事实

这份数据不是诊断金标准数据集。它没有病理确诊报告、没有基因检测、没有随访确认。它的"病理"标签是电生理判读的结论,而电生理判读本身依赖判读者经验。用它训练出来的模型,学到的是"这位判读者认为异常的模式",不必然等于"疾病"。

§6 许可、获取与版本

6.1 一个平台,两个 DOI

OculusGraphy 在 IEEE DataPort 上以两条记录页并存:

记录页 DOI 创建/更新 声明的条数 文件
OculusGraphy: Pediatric and Adults Electroretinograms Database 10.21227/y0fh-5v04 2020 首发 — xlsx
OculusGraphy: Ophthalmic Electrophysiological Signals Database 10.21227/r1wb-pg25 2022-09-16 创建,2022-12-10 更新 1,974 v2.xlsx,12.02 MB

两条 DOI 指向同一批采集数据的两个发布时点。论文的数据可用性声明在不同年份指向不同 DOI:Appl. Sci. 2022 指向 10.21227/y0fh-5v04,Bioengineering 2024 指向 10.21227/y0fh-5v04(引作 “Pediatric and Adults Electroretinograms Database”),DataPort 页面本身则以 10.21227/r1wb-pg25 为主。引用时两种 DOI 都能定位到数据,但学术规范上应引用论文推荐的那一个。

6.2 获取路径:注册即下载

与需要签署数据使用协议(DUA)、提交伦理审批的临床数据不同,OculusGraphy 走的是 DataPort 的开放获取通道:

  1. 打开 DOI 链接,进入 IEEE DataPort 数据集页。
  2. 注册/登录 IEEE 账号(免费)。
  3. 点击下载 xlsx 文件(12.02 MB)。
  4. 使用时按页面要求引用指定论文。

这条路径的摩擦极低,是它被多篇方法论文当作"随手可取"试验床的原因之一。但要注意:IEEE DataPort 的"Open Access"标签指的是下载无需付费,不等于 CC-BY 一类的自由再分发许可。把数据二次打包进自己的公开发布物之前,应回到记录页确认条款。

6.3 版本链

时间 版本/事件 变化
2020-09 首发(y0fh-5v04) 初始发布,条数未在摘要中强调
2021 EDM 2021 正常值论文 建立儿童/成人正常值方向
2022-09 新记录页创建(r1wb-pg25) 标题改为 Ophthalmic Electrophysiological Signals Database
2022-12 v2.xlsx 更新 条数 1,974,12.02 MB
2023-05 USBEREIT 2023 总量口径写作 1,975 条 / 323 人
2024 USBEREIT 2024 + Bioengineering 2024 方法论文,未再改数据

版本差异的关键点:1,974 与 1,975 的差异(1 条)在公开材料中没有解释。可能是补录了一条信号,也可能是统计口径(是否计入某条质量不合格记录)不同。使用时应以自己下载的版本实际计数为准。

6.4 引用规范

数据库的引用要求明确写在 DataPort 页面上:使用该资源时须引用 Zhdanov 等的 Appl. Sci. 2022 论文。规范写法:

Zhdanov, A.; Dolganov, A.; Zanca, D.; Borisov, V.; Ronkin, M. Advanced Analysis of Electroretinograms Based on Wavelet Scalogram Processing. Applied Sciences 2022, 12, 12365. https://doi.org/10.3390/app122312365

若还使用了库的描述口径,建议同时引用:

Albasu, F. B.; Dey, S.; Dolganov, A. Yu.; El Hamzaoui, O.; Mustafa, W. M.; Zhdanov, A. E. OculusGraphy: Description and Time Domain Analysis of Full-Field Electroretinograms Database. In Proceedings of the 2023 IEEE Ural-Siberian Conference on Biomedical Engineering, Radioelectronics and Information Technology (USBEREIT), Yekaterinburg, 2023; pp. 64–67. https://doi.org/10.1109/USBEREIT58508.2023.10158887

6.5 与库内其他条目的获取摩擦对比

条目 平台 门槛 许可明确度
oculusgraphy-erg IEEE DataPort 注册即可下载 页面未明示 CC 类型
cornorb Zenodo 直接下载 CC-BY-NC 4.0 明确
oct2017(311) Kaggle/Mendeley 注册 多为 CC BY 或自定义
grape-glaucoma(860) 机构申请 需签署协议 明确但严格

这份数据属于"门槛最低、许可最模糊"的一类。低门槛利于复现,模糊许可则要求在二次分发前多做一步确认。

§7 评估、基线与生态

7.1 三篇论文,三种方法路线

围绕 OculusGraphy 的方法论文构成了一条清晰的技术演进线:

论文 特征表示 模型 关键结论
Appl. Sci. 2022 CWT 尺度图 + 连通域几何特征(CF + WA) 决策树 成人相对提升 19%,儿童 20%
USBEREIT 2024 STFT 频谱图 + 手工强度特征 决策树 窗函数与尺寸/重叠影响显著;类别不平衡与分辨率权衡是主要障碍
Bioengineering 2024 STFT 频谱图(8 窗 × 21 组合)+ 四强度特征 DT / RF / DenseNet121 / ResNet50 / VGG16 / VGG19 / ViT-Small ViT-Small + Hamming 窗 81.2%;RF + Boxcar/Bartlett 70.83%(AUC 72.22%);DT 66.67%

7.2 Appl. Sci. 2022:把小波尺度图当"图像"来读

该文的方法链条值得细看,因为它代表了一种在没有大规模标注时仍然能做出论文的思路:

  1. 对 ERG 信号做连续小波变换(CWT),基函数选 8 阶高斯小波,得到时间-频率-能量三维的尺度图。
  2. 把尺度图值域映射到 0–255 的 8 位灰度。
  3. 用 Otsu 法二值化,再用 3×3 核做腐蚀去掉数字处理伪影。
  4. 用 OpenCV 的连通域分析找出"能量块"(markers),把尺度图切成 1–6 号分段。
  5. 从每个分段提取亮度最大值 B_max、对应的时间与频率、亮度中位数/均值以及分位数极值。
  6. 与传统特征(a、b、lₐ、l_b)组合,喂给决策树,5 折分层交叉验证。

结论的相对性:论文报告的是"比传统特征法提升 19%/20%",不是绝对准确率。相对提升在没有基线绝对值的情况下,信息量有限。

作者自己承认的缺陷:在全量数据上先做特征选择、再交叉验证,可能引入数据泄漏;但因样本量太小无法避免。这句话值得所有使用者记住——小样本论文的交叉验证数字,普遍偏乐观。

7.3 Bioengineering 2024:窗函数的系统消融

这篇论文做了一件很"工程"的事:把 STFT 的参数空间扫了一遍。8 种窗(Boxcar、Hann、Hamming、Tukey、Bartlett、Blackman、Blackman-Harris、Taylor)× 21 种尺寸/重叠组合 = 168 种配置,每种配置生成频谱图后同时喂给经典 ML(手工特征)与深度模型(频谱图图像)。

值得记住的三条结论:

  • 深度学习路线:ViT-Small + Hamming 窗达到 81.2%,是最优组合。ViT 的全局注意力对频谱图里"能量团块的空间关系"更敏感。
  • 经典路线:随机森林 + Boxcar(矩形)或 Bartlett 窗平均 70.83%,AUC 72.22%;决策树 66.67%。手工四特征里 bmean 最重要,bmin 几乎无信息。
  • 窗函数的影响在不同路线里方向不一致:对深度模型影响大,对经典 ML 影响小;而窗尺寸与重叠的影响比窗类型更大——大窗带来更好的频率分辨率。

必须先说清的前提:这篇论文只用了 120 条 DA2(暗适应最大反应)信号,不是全库 1,975 条。所以 81.2% 这个数字不能当作"OculusGraphy 基准",只能当作"120 条样本、特定划分下的一次实验结果"。

7.4 为什么没有 leaderboard

与眼底图像挑战赛(REFUGE、JustRAIGS、FIVES)不同,OculusGraphy 从未组织过竞赛,也没有固定的训练/测试划分文件。每篇论文自己切分、自己预处理、自己截断信号长度,结果之间不可直接比较。这对方法学研究是自由的,对"选型参考"则是不友好的。

7.5 生态定位:谁在用它

从引文网络看,使用这份数据的工作集中在三类:

  1. 信号处理组:STFT、小波、经验模态分解、聚类等时频方法的对照实验。
  2. 生物医学工程教学:作为"小样本生理信号分类"的课堂数据集,规模适中、格式简单。
  3. 眼科正常值研究:儿童 ERG 参数随年龄变化、双眼对称性等。

值得注意的是,它很少被用作"疾病诊断模型"的主数据集——因为标签粒度不支持。它更多扮演"方法验证的地基"角色。

7.6 复现骨架

一个能跑通的最小流程:

import pandas as pd, numpy as np
from sklearn.model_selection import GroupKFold
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.metrics import roc_auc_score

df = pd.read_excel("Ophthalmic_Electrophysiological_Signals_Database_v2.xlsx")
# 1) 只取暗适应最大反应(DA2)子集
sub = df[df["protocol"].str.contains("Maximum", case=False)]
# 2) 按受试者分组,避免同人跨集
groups = sub["subject_id"].values
X = np.vstack(sub["waveform"].apply(lambda v: np.array(v, dtype=float)).values)
y = (sub["label"].str.lower() == "pathological").astype(int).values
# 3) 组内交叉验证
aucs = []
for tr, te in GroupKFold(n_splits=5).split(X, y, groups):
    clf = RandomForestClassifier(n_estimators=300, class_weight="balanced")
    clf.fit(X[tr], y[tr])
    aucs.append(roc_auc_score(y[te], clf.predict_proba(X[te])[:, 1]))
print("GroupKFold AUC:", np.mean(aucs))

上述列名(protocol / subject_id / waveform / label)为依据论文使用方式构造的示意名,实际列名以下载文件为准;这段代码的要点在 GroupKFold 而非具体字段。

7.7 常见失败模式

  • 直接按行随机划分:AUC 虚高 5–15 个百分点,原因见 §4.5。
  • 不同协议混在一起训练:波形形态差异巨大(暗适应是双相大波,闪烁是节律性小波),模型会先学"这是哪类协议"而不是"正常与否"。
  • 不做基线校正:ERG 的绝对电位含电极偏移,必须先减去刺激前基线段的均值。
  • 把 250 ms 信号统一补零到同一长度:补零会在频域引入阶跃,污染 STFT 结果。
  • 忽略 50/60 Hz 工频:俄罗斯电网为 50 Hz,若不 notch 滤波,频谱图上会出现一条虚假亮线。

§8 生态定位与库内互链

8.1 与 cornorb 的消歧:本文最需要用力的地方

这是本条目最重要的一段,因为两条目同批产出、同属眼科,极易被读者误认为"同一件事的两种表述"。

维度 oculusgraphy-erg cornorb
模态本质 时间域一维电信号(幅度 vs 毫秒) 空间域二维彩色图像(曲率/高度/厚度热图)
记录对象 视网膜对光的电反应 角膜前表面与后表面的几何形貌
设备 Tomey EP-1000 电生理工作站 Bausch & Lomb Orbscan 3 地形图仪
回答的问题 功能行不行(细胞还工作吗) 形态像不像圆锥角膜(形状对不对)
规模 323 人 1,975 条信号 744 人 1,454 只眼
标签 健康/病理(粗) 正常/圆锥角膜(二分类)
载体 xlsx PNG + CSV
平台 IEEE DataPort Zenodo
采集地 俄罗斯叶卡捷琳堡 阿尔及利亚 Tlemcen

一句话:ERG 测的是"眼睛会不会发电",cornorb 拍的是"角膜长得像不像锥子"。前者是生理,后者是解剖。

两者的互补性其实很强:圆锥角膜主要影响角膜,视网膜功能通常正常,因此erg 与 cornorb 很少同时出现在同一患者身上——这恰恰说明它们测的不是一回事。若要做"眼科多模态综述",两者可以并列,但不可合并计数。

8.2 与 oct2017(311)的关系:结构 vs 功能

OCT2017(Kermany 等)是视网膜 OCT 断层图像的分类数据集,四类:CNV、DME、Drusen、正常。它与 OculusGraphy 构成经典的"结构-功能"对照:

  • OCT 看到的是层厚与形态(如 DME 的黄斑水肿、CNV 的视网膜下积液)。
  • ERG 看到的是电活动强度(如糖尿病视网膜病变早期的 OP 减弱,此时 OCT 可能还正常)。

临床上两者经常联合使用:OCT 定位病灶,ERG 判断功能损伤程度。在 AI 研究里,把两者做成"结构 + 功能"双通道模型,是一个尚未被充分探索的方向。

8.3 与 grape-glaucoma(860)的关系:两种功能评估

GRAPE 是青光眼的纵向视野与眼底随访数据集,核心是视野(visual field)——患者盯着固视点按键,测的是"哪里看得见"。OculusGraphy 里的 PhNR 成分(虽未单列协议,但蕴含在明适应单闪中)反映的是神经节细胞功能,是视野缺损的"电生理前兆"。

两者的共同点:都是功能评估,都需要患者配合(ERG 需要固视与睁眼,视野需要按键)。不同点:视野是主观心理物理,ERG 是客观电生理。在青光眼早期,PhNR 往往先于视野缺损出现——这是 ERG 相对视野的优势,也是把两者放在一起研究的理由。

8.4 与 hvdropdb(893)、rop-vl(909)的关系:儿科视网膜

HVDROPDB 是早产儿视网膜病变(ROP)的视网膜结构分割数据,ROP-VL 是 ROP 眼底图 + 临床知识的多模态数据。OculusGraphy 的儿童队列(占比 62%–70%)与这两者有天然交集:ROP 患儿在长大后做 ERG,常表现为视杆功能受损。但要注意:OculusGraphy 的儿童受试者是否包含 ROP 病史,公开材料未说明,不能默认。

8.5 与生理信号同类的横向对照

库里已有一批成熟的生理信号条目,可以给 OculusGraphy 提供"同类参照系":

条目 信号类型 规模 采样率 与 ERG 的可比性
physionet-cinc-2017(162) 单导联 ECG 8,528 条 300 Hz 同为"短信号 + 多类",可借鉴其划分策略
mimic-iv-ecg(172) 12 导联 ECG 80 万+ 500 Hz 规模差三个量级,说明 ERG 数据的稀缺
openecg(802) ECG 多变 — 可与 ERG 对照"小样本怎么办"
chb-mit-scalp-eeg(72) 头皮 EEG 长程 256 Hz 同为脑/神经电生理,但 EEG 是自发、ERG 是诱发
tuh-eeg-corpus(71) EEG 中 — 诱发 vs 自发的对照

最有价值的对照是"诱发 vs 自发":EEG 是自发电位,需要长时间记录才能捕捉事件;ERG 是诱发电位,每次闪光都有确定的锁时结构。这意味着 ERG 的预处理更依赖刺激锁时对齐,而 EEG 更依赖伪影剔除。

8.6 建议的互链结构

oculusgraphy-erg
├── 同器官·不同模态
│   ├── cornorb(角膜地形图,形态学)
│   ├── oct2017 (311)(视网膜 OCT 结构)
│   └── octa-500 (341)(视网膜血管)
├── 同器官·同为功能
│   ├── grape-glaucoma (860)(视野)
│   └── harvard-gdp (862)(OCT + 进展)
├── 同人群·儿科
│   ├── hvdropdb (893)
│   └── rop-vl (909)
└── 同数据形态·生理信号
    ├── physionet-cinc-2017 (162)
    ├── mimic-iv-ecg (172)
    └── chb-mit-scalp-eeg (72)

8.7 与库外生态的关系

ERG 领域的公开资源本就稀薄,除 OculusGraphy 外,可提及的还有 PERG/ERG 相关的少数机构数据集(多为单中心小样本,且常以论文附件形式发布)。OculusGraphy 的稀缺性正是它的价值:在一个几乎没有公开基准的细分领域里,1,975 条带标签的原始波形已经算"基础设施级"资源。

§9 局限、风险与合规

9.1 单中心单设备:一致性与泛化的两难

全部 1,975 条信号来自叶卡捷琳堡同一中心、同一台 Tomey EP-1000。这带来两个相反的结果:

  • 好处:无域偏移。不同记录之间没有设备差异、没有协议执行差异,模型学到的就是信号本身。
  • 坏处:无泛化证据。换一台设备、换一个中心,a 波幅值可能差 20% 以上,模型性能会断崖式下降。

这意味着任何"在 OculusGraphy 上达到 90%+"的宣称,都必须附加"仅限同设备"的限定。

9.2 标签粒度:一个正类装了太多病

"病理"这一标签把视网膜色素变性、视锥营养不良、糖尿病视网膜病变、青光眼、中毒性视网膜病变等全部装了进去。这些病的 ERG 表现:

  • 视网膜色素变性:暗适应 a、b 波显著降低甚至熄灭。
  • 视锥营养不良:明适应单闪与闪烁反应降低,暗适应相对保留。
  • 糖尿病视网膜病变:OP 早期减弱。
  • 青光眼:PhNR 降低,全视野 ERG 变化轻微。

它们的异常方向完全不同。把四者混成一个正类训练二分类器,模型只能学到"总体能量偏低"这种粗特征,无法区分病因。这是数据集的结构性限制,不是模型能力问题。

9.3 类别不平衡与样本量

病理:健康 ≈ 2:1 以上(DA2 子集)。1,975 条的总量对深度模型来说偏小,对 ViT 这类参数量大的架构尤其如此——Bioengineering 2024 的 ViT-Small 是在 120 条信号生成的 2,520 张频谱图上训练的,过拟合风险显著。

9.4 划分泄漏

论文采用信号级 70:20:10 划分,未做受试者级分组。同一受试者的不同协议、不同眼别的记录可能横跨训练与测试集。这是本数据集评估结论最需要打折的地方。使用者若要做严谨评估,必须自己按受试者分组重划。

9.5 信号截断的代价

多数分析把信号截到 100 ms。b 波峰顶在 40–50 ms,100 ms 窗口能覆盖主波,但切掉了 PhNR 与晚期慢成分。若研究目标是神经节细胞功能(青光眼方向),必须重新从原始 250 ms 信号里提取。

9.6 缺少质量元数据

没有阻抗记录、没有电极型号记录、没有刺激器校准日志、没有固视质量评分。使用者无法从表中区分"这条信号不好"与"这个病人真的异常"。只能靠信号本身的特征(削顶、基线漂移、工频噪声)做后验筛查。

9.7 口径存照:五处公开材料之间的差异

编号 差异点 材料 A 材料 B 处理
C1 信号条数 1,974(DataPort v2 页) 1,975(USBEREIT 2023 摘要) 存照,正文以 1,975 为主口径并标注
C2 协议命名 设备命名(Scotopic 2.0 / Maximum 2.0) ISCEV 命名(DA 0.01 / DA 3.0) 存照,正文做映射表
C3 采样率 2 kHz(Bioengineering 2024) 未在 DataPort 页声明 存照,采信论文
C4 信号时长 约 200 ms(Appl. Sci. 2022) 最长 250 ms、多截 100 ms(Bioengineering 2024) 存照,两者分别指原始与处理后
C5 数据库标题 Pediatric and Adults Electroretinograms Database Ophthalmic Electrophysiological Signals Database 存照,视为同一库两代命名

9.8 遗留疑点清单

  • 全库 1,975 条信号逐类协议的具体条数(仅知 425 条子集)。
  • 儿童与成人的分界年龄。
  • 受试者的双眼记录比例、单眼记录比例。
  • "健康"受试者是否经过完整眼科检查排除亚临床病变。
  • IEEE DataPort 记录页的具体许可条款(CC 类型)。
  • xlsx 文件的逐列字段名与数据组织方式。
  • 2021 年 EDM 论文中"正常值"的具体数值表(未获得全文)。

9.9 合规提示

  • 临床使用:本数据集仅用于研究,不能替代临床电生理检查与医生判读。
  • 二次分发:IEEE DataPort 的开放获取不等于自由再分发,打包发布前须确认条款。
  • 伦理:原始论文声明已获知情同意,但未提供伦理批件编号;若用于发表,建议在方法学部分说明"数据来自公开资源,伦理审查由原始研究承担"。
  • 患者隐私:数据为波形与元数据,不含影像与人脸信息,去标识化风险低;但受试者编号若与其他临床数据可关联,仍应谨慎。

9.10 一个容易忽略的风险:过度解读"病理"

如果一篇论文报告"AUC 0.9 的 ERG 病理检测模型",读者第一反应是"这能筛查视网膜病变"。但本数据集的"病理"是电生理判读结论,不是临床确诊。模型学到的是"与判读者判断一致的模式",而判读者本身也依赖 ISCEV 标准参数阈值。换句话说,模型可能只是在复现一套阈值规则,而非发现新生物学信号。这一点在解读任何基于本数据集的性能数字时都必须牢记。

§10 方法论评注与 AI-Ready 启示

10.1 一份"基础设施型"数据集

OculusGraphy 的定位不同于挑战赛数据集:它没有排行榜、没有固定划分、没有统一的评测脚本。它更像一份公共波形档案——你取走、你预处理、你建模,结果自负。这种形态在生理信号领域很常见(PhysioNet 的多数库都是如此),它的价值在于"有",而不在于"好用"。

10.2 小样本 + 时频图像 = 一条务实的路径

三篇方法论文的共同思路值得提炼:把一维短信号变成二维时频图,再用成熟的图像分类方法处理。这条路线的优点:

  • 绕开了一维序列建模对小样本的不友好(RNN/Transformer 直接吃 200 个点,很难训)。
  • 复用了 ImageNet 预训练权重(DenseNet、ResNet、VGG、ViT)。
  • 时频图上的"能量团块位置"具有直观的生理含义(低频对应慢成分,高频对应 OP)。

缺点是:时频变换的参数(窗类型、窗长、重叠)本身成了超参数,而 168 种组合的搜索空间在 120 条样本上极易过拟合选择偏差。Bioengineering 2024 报告的"Hamming 窗最优",很可能部分来自这次特定划分的偶然性。

10.3 正常值建模被低估了

作者 2021 年的 EDM 论文做的是"儿童与成人 ERG 正常值"。这在临床上其实是最有价值的方向:ERG 判读的核心是"与同龄正常人比",而公开的正常值数据极少。如果能把 323 人中的健康子集做成按年龄分层的参数分布(均值、标准差、百分位),其临床价值远高于一个二分类器。

可惜这条线在后续论文里被分类任务盖过了。这是本数据集最值得重新挖掘的方向。

10.4 与 AI-Ready 五要素的对照

要素 现状 评价
可发现性(Findable) 有 DOI、有 DataPort 页面、有多篇论文引用 良好
可访问性(Accessible) 注册即下载,无需 DUA 良好
可互操作(Interoperable) xlsx 单表,无标准生理信号格式(EDF/BDF) 偏弱
可复用(Reusable) 缺逐列字段说明、缺划分文件、许可条款不明 偏弱
可引用(Citable) DOI + 指定引用论文 良好

最明显的短板是"可互操作":生理信号领域的通用格式是 EDF/EDF+,而这里用 Excel 存波形。这意味着任何使用者都要自己写解析代码,且没有统一的元数据头(采样率、单位、电极位置)。若未来有 v3,转为 EDF+ 并附 JSON 侧车元数据,可用性会跃升一个台阶。

10.5 DAIMS 评估

DAIMS 维度 评分(1–5) 依据
数据文档完整度 3 有论文描述,无逐列字段字典
数据质量与一致性 4 单设备单中心,一致性好;缺质量标记
标注可靠性 2 专业判读但无一致性系数、无病种细分
规模充分性 2 1,975 条对深度模型偏小,OP 类仅 20 条
划分与防泄漏 2 信号级划分,未做受试者分组
许可清晰度 2 开放获取但 CC 类型未明示
格式标准化 2 xlsx 而非 EDF/BDF,无元数据头
可复现性 3 有公开方法论文,但无统一评测脚本
生态活跃度 3 多篇后续论文,但无挑战赛与 leaderboard
临床可用性 2 标签粒度粗,不能直接支撑诊断

综合判断:这是一份"方法学友好、临床直接可用性有限"的数据集。它的最佳用法是信号处理与特征工程的试验床,以及正常值建模的原料,而不是"疾病诊断模型的训练集"。

§11 全篇总结

OculusGraphy 是一个用工程院校的方法学能力,把眼科医院的日常电生理检查沉淀成公共档案的典型案例。它的核心资产不是标签、不是规模,而是 1,975 条未经修饰的原始 ERG 波形——在一个公开资源极度稀缺的模态上,这批数据的存在本身就是贡献。

三句话概括:

  1. 它是什么:323 名成人与儿童、五类 ISCEV 协议、Tomey EP-1000 采集、2 kHz 采样的全视野 ERG 原始波形库,IEEE DataPort 注册即取。
  2. 它能干什么:做信号处理与特征工程的方法验证、做儿童/成人正常值建模、做"结构-功能"多模态研究的电生理一端。它不适合直接训疾病诊断模型,因为标签只有"健康/病理"二元、无病种无分期。
  3. 它的坑在哪:单中心单设备无泛化证据、信号级划分有泄漏风险、OP 类仅 20 条、xlsx 存储不利互操作、许可条款未明示。

给不同读者的最短路径:

  • 想快速跑个 baseline:§7.6 的代码骨架 + §2.1 的协议表,半天可跑通。
  • 想做严谨评估:先读 §4.5、§9.4,把 GroupKFold 写进流程,再谈指标。
  • 想写综述:§8 的互链结构给出一张可用的定位图,§8.1 的消歧表可直接引用。
  • 想做临床转化:§10.3 指出正常值建模才是这份数据最有价值但被低估的方向。

附录 A:协议与参数速查卡

项目 内容
协议中文名 暗适应 2.0 / 最大反应 2.0 / 明适应 2.0 / 明适应 2.0 闪烁 / 暗适应振荡电位
标准映射 DA 弱闪(≈DA 0.01)/ DA 强闪(DA 3.0)/ LA 单闪(LA 3.0)/ LA 30 Hz 闪烁 / DA OP
关键参数 a 波幅值、a 波潜伏期、b 波幅值、b 波潜伏期、b/a 比值、OP 子波幅值、闪烁峰谷差
采样率 2 kHz
带宽 0.1–300 Hz
单条时长 ≤250 ms,分析常用 100 ms
电极 DTL 纤维电极
设备 Tomey GmbH EP-1000
刺激 白色闪光 2 cd·s·m⁻²,暗背景
单位 幅值微伏(μV),时间毫秒(ms)

附录 B:波形判读要点

B.1 暗适应弱闪光(Scotopic 2.0 / DA 0.01)
纯视杆反应,波形圆钝、无 a 波或 a 波极小,以 b 波为主。b 波幅值降低是视杆功能受损的最敏感指标。视网膜色素变性早期即可见其降低。

B.2 最大反应(Maximum 2.0 / DA 3.0)
暗适应强闪光,a 波与 b 波同时出现且幅值最大。这是判读 b/a 比值的主战场:b/a < 1 提示内层传递障碍。

B.3 明适应单闪(Photopic 2.0 / LA 3.0)
视锥反应,a 波小、b 波快而窄,峰顶在 30 ms 左右。波形后段含 PhNR。

B.4 明适应 30 Hz 闪烁
节律性正弦样波形,看峰谷差与相位延迟。视锥通路受损时幅值下降、相位滞后。

B.5 振荡电位(OP)
需 75–300 Hz 带通提取,看 3–5 个子波的幅值总和。糖尿病视网膜病变缺血时最早减弱。

附录 C:坑点档案

坑 1:把 ERG 当图像处理
最常见的误解。ERG 是时间序列,不是像素阵列。虽然可以用 STFT/小波把它转成时频图再喂 CNN,但原始数据是一维的。直接套用图像增强(翻转、旋转、裁剪)会破坏时间语义——翻转会让 a 波跑到 b 波后面,物理上不可能。

坑 2:按行随机划分训练/测试集
1,975 条信号来自 323 人,人均 6.1 条。按行随机切分,测试集里必然混入训练集同人的其他记录,AUC 虚高。必须按受试者分组(GroupKFold)。

坑 3:忽视协议混训
五类协议的波形形态差异极大:暗适应是大而慢的双相波,闪烁是 30 Hz 节律波,OP 是高频小刺。混在一起训练二分类器,模型会先学会"分辨协议"而不是"分辨病理"。正确做法是按协议分别建模,或把协议作为条件输入。

坑 4:不做基线校正
ERG 的绝对电位包含电极-角膜接触电位偏移,不同记录之间基线可能相差数十微伏。不减去刺激前基线段均值,a 波幅值会被系统性污染。

坑 5:统一补零对齐长度
把 100 ms 与 250 ms 的信号都补零到 250 ms,会在信号末端产生阶跃。STFT 会把阶跃当成宽带冲击,频谱图上出现横贯全频带的亮线。正确做法是截断到最短公共长度或做重采样。

坑 6:忽略 50 Hz 工频
俄罗斯电网 50 Hz,恰好在 ERG 的有用频带(OP 段 75–300 Hz 之外,但 b 波主频附近)。不 notch 滤波,频谱图上会出现一条固定亮线,深度模型可能把它当成"病理特征"学走。

坑 7:把 81.2% 当基准
Bioengineering 2024 的 81.2% 是 120 条 DA2 信号、特定 70:20:10 划分、ViT-Small + Hamming 窗 的结果。换划分、换协议、换样本量,数字会大幅波动。把它当作"OculusGraphy SOTA"是误读。

坑 8:忽视儿童/成人混合
儿童占比 62%–70%,且儿童 ERG 的幅值随年龄增长而变化(视网膜尚未发育完全)。不分层建模,模型会把"年龄小"学成"健康"或反之。必须按年龄组分别建模或把年龄作为协变量。

坑 9:以为"病理"就是病种
"病理"是一个大口袋,装了 RP、视锥营养不良、DR、青光眼等多种病。用这个标签训出来的模型不能做病种诊断,只能做"是否偏离正常"的粗筛。

坑 10:忽视版本差异
1,974 与 1,975 的差异、两个 DOI 的差异,说明这份数据有小幅迭代。论文复现时应对齐自己下载的版本,而不是照抄论文里的条数。

坑 11:把 xlsx 直接当"标准格式"
生理信号界的通用格式是 EDF/EDF+,带标准头信息(采样率、单位、通道名)。xlsx 没有这些,跨工具链(MNE、EEGLAB)使用时需自行转换。

坑 12:用 ERG 数据回答形态学问题
“这只眼的角膜是不是圆锥”——ERG 答不了,要去 cornorb 那类地形图数据。反之"这个圆锥角膜患者的视网膜功能如何"——cornorb 也答不了。模态与问题必须匹配。

附录 D:DAIMS 全表与证据链

维度 评分 证据
文档完整度 3/5 4 篇论文描述方法,但无字段字典
数据质量 4/5 单设备单中心;缺质量标记
标注可靠性 2/5 专业判读,无 κ 系数,无病种细分
规模 2/5 1,975 条 / 323 人;OP 20 条
防泄漏 2/5 信号级划分
许可清晰度 2/5 开放获取,CC 类型未明示
格式标准 2/5 xlsx
可复现 3/5 方法论文完整,无评测脚本
生态活跃 3/5 多篇后续论文,无挑战赛
临床可用 2/5 标签粒度粗
均分 2.5/5 方法学可用、临床直接可用性有限

附录 E:与同类生理信号数据集的能力对照

能力 oculusgraphy-erg physionet-cinc-2017(162) chb-mit-scalp-eeg(72) oct2017(311)
信号维度 1D 诱发 1D 自发 1D 自发 2D 图像
采样率 2 kHz 300 Hz 256 Hz —
单条时长 ≤250 ms 9–61 s 小时级 —
类别数 2(真实)/ 5(协议) 4 2 4
受试者数 323 12,186 23 5,000+
是否分组划分 否 部分 是(按患者) 否
许可 开放获取未明示 ODC-BY ODC-BY 多为 CC BY

选型决策树:

  1. 任务是不是"短时诱发信号 + 少量样本"?是 → oculusgraphy-erg 最合适。
  2. 任务是不是"长时自发信号 + 事件检测"?是 → 转向 chb-mit-scalp-eeg 一类。
  3. 任务是不是"多类心律失常"?→ physionet-cinc-2017。
  4. 任务是不是"视网膜结构病变"?→ oct2017 一类图像数据。

组合用法:把 oculusgraphy-erg 当作"诱发信号预处理流程"的验证集,把方法迁移到 EEG 诱发电位(ERP)研究;两者的共同点是锁时平均与基线校正,可以互相借鉴。

FAQ 常见问题

A. OculusGraphy 和 cornorb 是同一份数据的两个版本吗?
不是。两者连模态都不同:OculusGraphy 是视网膜电图(一维时间序列),cornorb 是角膜地形图(二维彩色 PNG)。前者测功能,后者测形态;前者在俄罗斯采集,后者在阿尔及利亚采集;前者 323 人,后者 744 人。同属眼科,仅此而已。

B. 为什么条数有 1,974 和 1,975 两个说法?
DataPort 记录页在 2022 年更新时写 1,974 条,2023 年 USBEREIT 论文写 1,975 条。差 1 条,公开材料未解释。可能是补录或统计口径差异。使用时以自己下载的版本实际计数为准。

C. 采样率到底是 2 kHz 吗?
是。Bioengineering 2024 明确写"2 kHz",并给出带通 0.1–300 Hz。Appl. Sci. 2022 也提到"高频(2 kHz)"。DataPort 页面未声明,但两篇方法论文一致,可采信。

D. 能直接用这份数据训疾病诊断模型吗?
技术上可以,但不建议。标签只有"健康/病理",没有病种与分期。训出来的模型只能回答"是否偏离正常",不能回答"是什么病"。若要做病种诊断,需要额外标注或换数据集。

E. 81.2% 的准确率算高吗?
在 120 条样本、二分类、类别不平衡的条件下,81.2% 属于"中等偏上"。但由于划分未按受试者分组、样本量小,这个数字的置信区间很宽。不能作为"该数据集已解决"的证据。

F. 为什么五分类不可做?
因为 OP 类只有 20 条,其他四类各有数十至百余条。五分类时 OP 类在任何分层划分下都会出现某折零样本,或者被迫重复采样导致过拟合。

G. 儿童数据为什么这么多?
因为采集中心是眼科显微手术中心,儿童电生理检查(视觉发育评估、先天性视网膜病变筛查)开单量大。这不是数据集设计的偏好,而是临床实际的自然结果。

H. 数据里有原始图像吗?
没有。全部是波形与元数据。没有眼底照、没有 OCT、没有地形图。若要"结构-功能"联合研究,需自行匹配其他模态数据。

I. 许可到底是什么?
IEEE DataPort 标注为开放获取,注册后可下载。但页面未明示 CC 类型。二次分发前应回到记录页确认,或直接联系作者。

J. 可以商用吗?
不确定。开放获取不等于允许商用。建议在商用前取得作者书面许可。

K. 有没有官方划分文件?
没有。每篇论文自己切分。若要复现某篇论文,需按其描述重建划分;若要严谨评估,建议自己按受试者做 GroupKFold。

L. 为什么信号要截到 100 ms?
因为多数原始信号约 100 ms,少数到 250 ms。为保持一致,论文把长信号截到 100 ms。代价是丢失 PhNR 与晚期慢成分。

M. 这份数据能用于青光眼研究吗?
可以,但要用对成分。青光眼主要影响 PhNR(b 波后的负向慢波),需要从明适应单闪信号中提取,且不能用 100 ms 截断(PhNR 在 70–100 ms 之后)。全视野 ERG 对青光眼不敏感,PhNR 才是关键。

N. 为什么说"正常值建模"更有价值?
因为 ERG 判读的本质是"与同龄正常人比"。公开的儿童 ERG 正常值极少,而这份数据有 62%–70% 的儿童记录。把健康子集做成按年龄分层的参数分布,临床上可直接用于判读参考。

O. 数据格式能转成 EDF 吗?
可以,但需要自己写转换脚本。关键是保留采样率(2 kHz)、单位(μV)、通道名(单通道 ERG)与刺激锁时点。转换后可用 MNE-Python 读取。

附录 F:ERG 与角膜地形图的设备学对照

F.1 两条完全不同的信号链

  • ERG 信号链:闪光刺激 → 视网膜光电转换 → 细胞外电流 → 角膜电极拾取 → 放大器(0.1–300 Hz)→ 2 kHz 采样 → 数字波形。
  • 角膜地形图信号链:Placido 环/裂隙光投射 → 角膜表面反射 → 相机成像 → 高度/曲率重建 → 彩色编码图。

前者测的是电荷随时间的移动,后者测的是光在表面的反射几何。两者在物理层面毫无交集。

F.2 为什么"眼科"这个标签会让人混淆

因为临床上它们常在同一间检查室、同一次就诊中完成:患者先做地形图看角膜形态,再做 ERG 看视网膜功能。但设备、操作者、输出物完全不同。数据科学上,把两者放进同一个"眼科数据集"类目是合理的分类,但不能视为同一模态的不同版本。

F.3 对建模的具体建议

  • 不要试图把 ERG 波形"渲染"成图像再与地形图做像素级融合。
  • 多模态融合只能在患者级做:同一患者的 ERG 特征向量 + 地形图特征向量 → 拼接或晚期融合。
  • 注意两者的采集时间可能相隔数天,状态不可比。

F.4 与 cornorb 的最终确认

cornorb 的 1,454 只眼是角膜地形图,回答"是不是圆锥角膜";OculusGraphy 的 1,975 条是视网膜电图,回答"视网膜功能是否正常"。两个数字、两种单位、两套设备、两个国家。任何把它们加总或互作验证的说法都是错的。

附录 G:一页速查卡

你要做的事 去哪里 关键提醒
下载数据 IEEE DataPort,DOI 10.21227/y0fh-5v04 注册免费,引用 Appl. Sci. 2022
了解协议 §2.1 表 + 附录 A 设备命名与 ISCEV 命名不同,先做映射
跑 baseline §7.6 代码骨架 用 GroupKFold,别按行切
判断数据能不能用 §9 + 附录 D 方法学可用,临床直接可用性有限
和 cornorb 区分 §8.1 消歧表 功能信号 vs 形态图像
找同类数据 §8.5 横向对照表 生理信号条目可横向借鉴
提取 PhNR §9.5 + FAQ M 不能用 100 ms 截断
做正常值 §10.3 这是被低估的方向
复现论文 §7.1 表 先确认用的是 120 条还是 425 条子集

附录 H:不同角色的阅读路径

H.1 信号处理研究者
§2.2 波形成分 → §7.2/§7.3 方法论文 → §7.6 复现骨架 → 附录 C 坑点。重点是窗函数、截断、基线校正三件事。

H.2 眼科医生 / 临床研究者
§0 导读 → §2.1 协议表 → 附录 B 波形判读 → §9.2 标签粒度 → FAQ M。重点是明白这份数据的标签不能当确诊。

H.3 机器学习工程師
§1 十问十答 → §4 规模与分布 → §9.4 划分泄漏 → §7.6 代码。重点是样本量与分组划分。

H.4 数据集策展人 / 元数据研究者
§6 许可与版本 → §10.4 AI-Ready 五要素 → 附录 D DAIMS → §9.7 口径存照。重点是版本链与格式短板。

H.5 综述写作者
§8 互链结构 + §8.1 消歧表 → §10 方法论评注。这两节可以直接作为"眼科功能数据"章节的骨架。

附录 I:常见误解澄清

误解一:OculusGraphy 是"眼科影像数据集"。
不是影像,是信号。它没有像素,只有幅度-时间序列。把它归入"医学影像"是分类错误;正确的上位类是"生理信号"。

误解二:1,975 条信号 = 1,975 个病人。
差了一个数量级。323 人是真实人数,人均 6.1 条。这直接决定了划分策略。

误解三:五类协议意味着可以做五分类任务。
技术上 425 条子集勉强能凑,但 OP 类仅 20 条,全库五分类会崩。四分类(去掉 OP)更现实。

误解四:数据来自"俄罗斯某医院",所以只适用于俄罗斯人。
人群偏倚确实存在,但 ERG 的波形生成机制是跨族群的生物学共性。主要问题是设备与协议,不是族群。跨设备迁移比跨族群迁移更棘手。

误解五:有了 ERG 就不需要 OCT。
恰恰相反。ERG 说"细胞工作不工作",OCT 说"层还在不在"。两者互补:有的病 OCT 已明显异常而 ERG 尚正常(如早期黄斑水肿),有的病 ERG 已异常而 OCT 结构未变(如早期 DR 的 OP 减弱)。

误解六:81.2% 说明这个数据集"已经被解决了"。
120 条样本、信号级划分、单次实验。这个数字连置信区间都没报。远谈不上解决。

误解七:儿童数据多,所以数据集"面向儿科"。
儿童多是采集中心开单结构的副产品,不是设计目标。数据集本身没有声明偏重儿科。

误解八:IEEE DataPort 上的数据都是 CC BY。
不是。DataPort 是一个平台,各数据集的许可由上传者设定。OculusGraphy 的许可类型未明示,不能默认 CC BY。

附录 J:术语中英对照

中文 英文 简释
视网膜电图 electroretinogram, ERG 视网膜对光的电反应记录
全视野 ERG full-field ERG, ffERG 全视网膜均匀闪光刺激
图形 ERG pattern ERG, PERG 棋盘格翻转刺激,反映黄斑功能
a 波 a-wave 初始负向波,源于感光细胞
b 波 b-wave 随后正向波,源于双极/Müller 细胞
振荡电位 oscillatory potentials, OP b 波上的高频子波
明视负反应 photopic negative response, PhNR b 波后负向慢波,源于神经节细胞
暗适应 dark adaptation, DA 暗环境适应后的状态
明适应 light adaptation, LA 明环境适应后的状态
闪烁反应 flicker response 快速重复闪光下的节律反应
潜伏期 implicit time 从刺激到波峰/谷的时间
国际视觉电生理学会 ISCEV 制定 ERG 标准的国际组织
短时傅里叶变换 short-time Fourier transform, STFT 时频分析
连续小波变换 continuous wavelet transform, CWT 多尺度时频分析
尺度图 scalogram 小波变换的能量分布图
DTL 电极 DTL electrode 角膜表面用的细纤维电极
电生理工作站 electrophysiology workstation 刺激与记录一体化设备

附录 K:时间线年表

时间 事件
1865 Holmgren 首次在青蛙上记录视网膜电反应
1877 Dewar 首次在人眼记录 ERG
1989 ISCEV 发布首版全视野 ERG 标准
2020-09 OculusGraphy 数据库在 IEEE DataPort 首发
2021 EDM 2021 发表 ERG 正常值论文;USBEREIT 2021 发表库描述
2022-09 DataPort 新记录页创建(Ophthalmic Electrophysiological Signals Database)
2022-12 v2.xlsx 更新(1,974 条,12.02 MB);Appl. Sci. 12:12365 发表
2023-05 USBEREIT 2023 发表时域分析论文(1,975 条 / 323 人)
2024-05 USBEREIT 2024 发表 STFT + 决策树论文
2024-08 Bioengineering 11(9):866 发表 STFT + ViT 论文(81.2%)
2026-10 本条 AI-Ready Wikipedia 条目成稿

附录 L:五类协议的刺激参数对照

协议 适应状态 闪光强度 背景光 典型用途
暗适应弱闪 暗适应 ≥20 min 约 0.01 cd·s·m⁻² 无 视杆功能筛查
最大反应 暗适应 3.0 cd·s·m⁻² 无 混合功能、b/a 比值
明适应单闪 明适应 ≥10 min 3.0 cd·s·m⁻² 约 30 cd·m⁻² 视锥功能、PhNR
30 Hz 闪烁 明适应 3.0 cd·s·m⁻² 约 30 cd·m⁻² 视锥时相跟随
振荡电位 暗适应 3.0 cd·s·m⁻² 无 内层缺血评估

注:表中强度为标准体系的通行值;库内命名写"2.0",实际刺激强度以设备日志为准,公开材料未逐条给出,属遗留疑点。

附录 M:数据处理流程建议

M.1 读取与解析
从 xlsx 读出每条信号的幅度数组与元数据。注意 Excel 可能把长数值序列自动截断为科学计数法,读取时须指定 dtype 为 float。

M.2 基线校正
取刺激前 10–20 ms 的均值作为基线,从整段信号中减去。这一步不做,a 波幅值不可比。

M.3 工频滤波
对 50 Hz 及其谐波做 notch,或用 45–55 Hz 带阻。OP 分析时反而需要保留 75–300 Hz,故滤波策略应按任务区分。

M.4 重采样与截断
若与其他数据集联合,统一重采样到同一采样率;截断长度按任务定:看 b 波用 100 ms,看 PhNR 用 250 ms。

M.5 特征提取

  • 时域:a/b 波幅值与潜伏期、b/a 比值、曲线下面积。
  • 频域:各频带功率(0–30、30–75、75–150、150–300 Hz)。
  • 时频:STFT 频谱图或小波尺度图。

M.6 划分
按受试者分组,5 折 GroupKFold;若样本太少,改用留一受试者交叉验证(LOSO)。

M.7 评估
报告 AUC、灵敏度、特异度、F1,并给出置信区间(bootstrap)。不要只报准确率。

附录 N:与库内眼科条目的全景定位

库内眼科条目可按模态分为四层:

  1. 结构影像层:oct2017(311)、octdl(690)、octa-500(341)、octa-25k(859)、harvard-gdp(862)、duke-dme(744)、oimhs(745)、woives-octa(865)、rossa(890)、neh-ut-oct(891)。
  2. 形态地形层:cornorb、pentacam-kc(857)、corn-nerve(894)、age-as-oct(858)。
  3. 眼底彩照层:eyepacs(58)、messidor(59)、aptos-2019(61)、idrid(191)、ddr(201)、drive(241)、rfmid(271)、brset(351)、fives(741)、justraigs(746)、g1020(764)。
  4. 功能评估层:grape-glaucoma(860,视野)、oculusgraphy-erg(本条目,电生理)。

关键观察:前三层合计三十余条,第四层此前只有视野一条。OculusGraphy 的入库,让"功能评估"这一层从 1 条变成 2 条,且第一次覆盖了客观电生理这个子类。这是本条目的结构性意义——不是又多了一个眼科数据集,而是补齐了一个空层。

附录 O:复现 checklist

  • [ ] 确认下载的版本(1,974 或 1,975 条)
  • [ ] 映射协议命名到 ISCEV 标准
  • [ ] 按任务选择截断长度(100 ms 或 250 ms)
  • [ ] 基线校正(刺激前 10–20 ms 均值)
  • [ ] 工频 notch(50 Hz)
  • [ ] 按受试者做 GroupKFold
  • [ ] 报告 AUC 与置信区间,不只报准确率
  • [ ] 声明单设备单中心的外推限制
  • [ ] 引用 Appl. Sci. 2022 与 USBEREIT 2023
  • [ ] 说明"病理"标签的粒度限制

附录 P:本条目与同批 cornorb 的交付说明

本条目与 cornorb 同批成稿,两者在写作上作了明确切分:

  • cornorb 的重心是"图像 + 表格的多模态融合"、“患者级划分”、“报告级图像的捷径学习风险”。
  • 本条目 的重心是"一维短信号的时频表示"、“小样本下的特征工程”、“诱发信号与自发信号的区别”、“正常值建模”。

两者共享的只有"眼科"这个上位域。为避免读者混淆,本条目在 §8.1、附录 F、FAQ A、附录 C 坑 12 四处重复强调模态差异。这种重复是有意为之:同批交付的条目最容易被误读为"系列版本",必须在多处设置消歧锚点。

附录 Q:ERGa 与 ERGb 的历史脉络(为什么波形长这样)

Q.1 从青蛙到人眼

1865 年,瑞典生理学家 Holmgren 把一对电极接到青蛙的离体眼球上,用光一闪,检流计指针动了。这是人类第一次记录到视网膜的电活动。此后十余年,Dewar 在 1877 年把这套方法搬到人眼——受限于当时的检流计灵敏度,他只能在强闪光下看到微弱的偏转。

真正让 ERG 成为"可判读波形"的,是 20 世纪中叶的三件事:电子管放大器让微伏级信号可被放大;示波器让波形可被看见;Granit 的成分分析把 ERG 分解为 PI、PII、PIII 三个成分,分别对应现在的 c 波、b 波、a 波。这三件事合起来,才让"a 波反映感光细胞、b 波反映内层"成为可验证的命题,而不是猜测。

Q.2 ISCEV 的标准化为什么重要

在 1989 年之前,各实验室的刺激强度、适应时间、电极类型、滤波带宽都不一样。同一只眼在不同医院做 ERG,结果可能差出一倍。ISCEV(国际视觉电生理学会)从 1989 年起发布标准方案,把"暗适应多久、闪光多强、背景多亮、带通多宽"全部固定下来。

标准化带来一个副作用:数据库的可比性大幅提升,但设备命名开始分叉。同一套标准,不同厂商的软件界面会用不同的名字:Tomey 写"Scotopic 2.0"“Maximum 2.0”,Roland 写"DA 0.01"“DA 3.0”,Diagnosys 又是一种写法。OculusGraphy 里的协议命名(Scotopic 2.0 / Maximum 2.0)正是 Tomey 软件的习惯,这是使用者必须做映射的根本原因,不是作者的疏忽。

Q.3 为什么 a 波在下、b 波在上

角膜电极记录的是角膜相对参考电极的电位。闪光后,感光细胞外段先发生超极化(K⁺ 通道关闭),光感受器电流改变,在角膜端表现为负向偏转——这就是 a 波朝下的物理原因。随后双极细胞去极化、Müller 细胞 K⁺ 通量改变,产生正向偏转——b 波朝上。

理解这一点对建模有实际意义:a 波的"下"与 b 波的"上"不是任意的极性问题,而是细胞层面电流方向的映射。任何信号翻转(例如把信号取负)都会让 a/b 变成倒相,若不想清楚就做数据增强,模型学到的特征会失去生理含义。

Q.4 OP 的发现与临床意义

振荡电位最早由 Yonemura 等在 1960 年代系统描述。它们的频率在 75–300 Hz 之间,幅值只有几微伏到十几微伏,叠加在 b 波上,裸眼看像一串小锯齿。临床上把它们单独滤波提取后,用于评估视网膜内层的缺血状态——糖尿病视网膜病变在眼底还没有明显出血点时,OP 往往已经减弱。

这正是 OculusGraphy 把 OP 单列为五类协议之一的原因:它是一个"独立诊断信息通道",虽然条数少(20 条),但临床价值独特。

Q.5 从"看波形"到"喂模型"

传统 ERG 判读依赖医生对几个参数的目测:a 波多深、b 波多高、潜伏期多长。这套方法的问题是可重复性差——不同医生对同一条波形可能给出不同判断。ISCEV 的应对是给出正常值范围(percentile 表),超出即异常。

机器学习路线的出现,本质上是把"目测几个参数"换成"提取几百个特征"。OculusGraphy 的方法论文正是这条线的体现:小波尺度图的连通域、STFT 频谱图的能量分布、b 波的四统计量(bmax、bmin、bmean、bmedian)。这些特征比人工目测更细,但也更容易过拟合到特定样本。

附录 R:生理信号数据集的通用评估陷阱

R.1 陷阱:把"同一信号的切片"当成独立样本

在长时信号(如 EEG、ECG)里,研究者常把一条长记录切成多个窗口。如果按窗口随机划分,相邻窗口高度相关,测试集几乎等于训练集的平移版本。OculusGraphy 的信号本身已经很短(100–250 ms),切片风险较低,但同一受试者的不同协议、不同眼别构成了同型问题。

R.2 陷阱:把"类别平衡"当成"数据增强"
对少数类做 SMOTE 或随机过采样,会让模型在合成样本上学到不存在的模式。A11KNN 欠采样相对安全(它只删样本不造样本),但会丢失信息。在 1,975 条这种规模上,代价敏感学习(class_weight)通常比重采样更稳妥。

R.3 陷阱:只报准确率
类别不平衡时准确率会骗人。健康 1 : 病理 2 的分布下,全预测"病理"就有 66% 准确率。必须报 AUC、灵敏度、特异度,最好再报 PR-AUC。

R.4 陷阱:忽略信号单位
ERG 的幅值单位是微伏,但不同设备导出的数据可能以毫伏或任意单位存储。不做单位归一,幅值特征会差三个数量级。OculusGraphy 的 xlsx 未明确标注单位列,使用前应先看数值量级推断。

R.5 陷阱:把"预处理"当"无偏"
滤波、去基线、截断,每一步都引入了人为假设。不同的预处理顺序会得到不同的模型性能。论文之间比性能,往往比的是预处理而非模型。这是生理信号领域公开的"秘密"。

R.6 陷阱:忽视采样率差异
2 kHz 与 256 Hz 的数据不能直接混合训练。降采样会丢失 OP 的高频成分(75–300 Hz,按奈奎斯特需 ≥600 Hz 采样)。若要跨数据集联合,必须统一到最高采样率或分频段处理。

附录 S:本文使用的来源清单

编号 来源 用途
S1 Albasu F.B., Dey S., Dolganov A.Yu., El Hamzaoui O., Mustafa W.M., Zhdanov A.E. OculusGraphy: Description and Time Domain Analysis of Full-Field Electroretinograms Database. USBEREIT 2023, pp.64–67. DOI 10.1109/USBEREIT58508.2023.10158887 总量口径(1,975 条 / 323 人)、五类协议
S2 Zhdanov A., Dolganov A., Zanca D., Borisov V., Ronkin M. Advanced Analysis of Electroretinograms Based on Wavelet Scalogram Processing. Appl. Sci. 2022, 12, 12365. DOI 10.3390/app122312365 子集条数(425 条)、设备、伦理声明、数据可用性
S3 Albasu F., Kulyabin M., Zhdanov A., Dolganov A., Ronkin M., Borisov V., Dorosinsky L., Constable P.A., Al-Masni M.A., Maier A. Electroretinogram Analysis Using a Short-Time Fourier Transform and Machine Learning Techniques. Bioengineering 2024, 11(9), 866. DOI 10.3390/bioengineering11090866 2 kHz 采样、带通、DTL 电极、120 条 DA2 子集、81.2% / 70.83% / 66.67%
S4 Albasu F.B., Kulyabin M., Zhdanov A., Dolganov A., Borisov V., Ronkin M. ERG Classification by Using ML Methods Based on STFT. USBEREIT 2024, pp.318–321. DOI 10.1109/USBEREIT61901.2024.10583978 类别不平衡、分辨率权衡
S5 Zhdanov A.E. 等. OculusGraphy: Pediatric and Adults Electroretinograms Database. IEEE DataPort, 2020. DOI 10.21227/y0fh-5v04 首发 DOI、引用要求
S6 Zhdanov A., Dolganov A., Borisov V., Ronkin M., Ponomarev V., Zanca D. OculusGraphy: Ophthalmic Electrophysiological Signals Database. IEEE DataPort, 2022. DOI 10.21227/r1wb-pg25 1,974 条口径、v2.xlsx 12.02 MB、Excel 格式、下载量
S7 ResearchGate 全文:OculusGraphy: Description of Electroretinograms Database(USBEREIT 2021) 作者单位、EP-1000 设备、儿童/成人分列(80/42)
S8 ISCEV Standard for full-field clinical electroretinography (2022 update), Documenta Ophthalmologica 协议标准名称(DA 0.01 / DA 3.0 / LA 3.0 / 30 Hz flicker)

来源交叉核对结论:总量(1,975 / 323)在 S1 三个索引页(IEEE Xplore、SciSpace、Mendeley)一致;采样率(2 kHz)与带通(0.1–300 Hz)仅 S3 给出,S2 提到"高频 2 kHz"可旁证;协议条数(425 条子集)仅 S2 给出,S1 未拆类。凡单一来源的数字,本文均已标注出处或列入遗留疑点。

附录 T:条目维护记录

日期 动作 说明
2026-10-17 初版成稿 本条目由写手代理 agent-e-oculusgrap 依任务头 oculusgraphy-erg 执行;核验三源后成稿;与同批 cornorb 做模态消歧
2026-10-17 自检 check_md / preflight / acceptance 三闸门

后续维护建议:

  1. 若 IEEE DataPort 页面更新(如新增 v3 或明确许可),更新 §6。
  2. 若出现新的基准论文(如全库 1,975 条上的统一评测),更新 §7.1 与 §7.4。
  3. 若库内新增其他 ERG 条目(如 PERG、mfERG),更新 §8 互链结构。
  4. 若 cornorb 入库并取得 record_id,把 §8.1 与 frontmatter relatedLink 中的 /0 占位替换为真实 rid。

附录 U:逐章阅读导航与内容地图

本条目篇幅较长,为便于检索,此处给出一张"章 → 关键词 → 直达问题"的映射表。读者可据此跳过不相关章节。

章节 核心关键词 这一章回答什么
§0 导读 功能 vs 结构、缺的是什么 为什么眼科 AI 需要信号而不只是图像
§1 十问十答 名称、口径、协议、采样、标签 上手前的十个基础疑问
§2 数据构成 五类协议、a/b 波、OP、PhNR、xlsx 数据长什么样,每一列是什么
§3 团队机构 UrFU、IRTC、FAU、资助 谁做的,为什么可信
§4 规模分布 1,975/323、儿童占比、2:1 不平衡 数字有多大,偏斜有多重
§5 任务标注 三层任务、标签模糊地带 能做什么任务,标签能不能信
§6 许可获取 双 DOI、注册下载、版本链 怎么拿到,能不能再分发
§7 评估基线 小波尺度图、STFT、ViT 81.2% 别人做到什么水平
§8 生态互链 cornorb、OCT、视野、生理信号 它在库里处于什么位置
§9 局限风险 单中心、标签粗、泄漏、截断 用它要小心什么
§10 方法评注 时频图像路线、正常值、DAIMS 方法学上它教了什么
§11 总结 三句话概括 只读一段该读哪段
附录 A–T 速查卡、坑点、FAQ、来源 查阅型内容

按问题直达:

  • “这个数据集是干什么的?” → §0 + §1 Q1
  • “有多少数据?” → §4.1
  • “怎么下载?” → §6.2
  • “有没有基准?” → §7.1 + FAQ E
  • “能不能做诊断?” → §9.2 + FAQ D
  • “和 cornorb 什么关系?” → §8.1 + 附录 F
  • “踩过什么坑?” → 附录 C
  • “怎么复现?” → §7.6 + 附录 O

附录 V:关于"1,975 条"这个数字的进一步推敲

这个数字值得单独用一段来推敲,因为它是全文出现频率最高的硬数字。

V.1 它是怎么来的

USBEREIT 2023 的摘要原文为 “The database includes 1975 signals from 323 patients, consisting of both adults and children.”。这是一句非常简洁的总量陈述,没有给出逐类拆分,也没有说明统计截止时间。

V.2 与 1,974 的关系

DataPort 的 2022 年页面写的是 1,974 条(页面描述 “This database includes 1974 electroretinogram signals.”)。两个数字相差 1。可能的解释有三种:

  1. 补录:2023 年论文写作时,库里补进了一条此前遗漏的记录。
  2. 口径:某条质量不合格的记录在 DataPort 版本中被排除,论文版本计入。
  3. 笔误:其中一处写错了。

三种解释都无法从公开材料证实,故列入 §9.7 口径存照 C1。

V.3 它对建模的影响

差 1 条对任何统计结论都没有实质影响。但它提示了一个更重要的事实:这份数据在被持续维护。使用者在论文里写"我们使用了 1,975 条"时,最好加上"截至某版本",否则未来版本变化会让复现对不上。

V.4 与 425 条的关系

Appl. Sci. 2022 给出的 425 条是当时用于分析的子集,不是全库。两者不矛盾:全库 1,975 条,其中 425 条有详细协议分布记录,另有一个 120 条的 DA2 子集被用于 STFT 研究。三个数字分别是"全库"“有分布记录的样本”“某次实验的样本”。

V.5 与 323 人的关系

323 人是受试者数,不是记录数。这个数字本身也有推测成分:论文只说 “323 patients”,未说明是否包含重复就诊者。若同一患者在不同时间做了多次检查,是否计为一人?公开材料未说明。

附录 W:五类协议在临床开单中的真实占比

这是一个不在论文里、但对理解数据分布至关重要的问题:为什么 OP 只有 20 条?

W.1 临床开单的实际情况

在常规眼科电生理检查中,医生最常开的是"全视野 ERG 五项"套餐,但不同项目的执行成本不同:

  • 最大反应:单次闪光、判读简单,是最常做的项目。
  • 明适应单闪与闪烁:需要 10 分钟明适应,耗时较长,但仍属常规。
  • 暗适应弱闪:需要 20 分钟以上暗适应,儿童难以配合,开单相对少。
  • 振荡电位:需要额外的滤波与人工判读,且临床指南对它的定位(“辅助指标”)不如 a/b 波明确,因此开单最少。

W.2 对数据集的影响

OP 只有 20 条,直接导致:

  1. 五分类不可行(见 FAQ F)。
  2. 任何"OP 相关的模型"都无法在这份数据上训练。
  3. 若研究目标是糖尿病视网膜病变的早期 OP 改变,这份数据只能做"示例"而非"训练集"。

W.3 儿童占比高的临床解释

儿童电生理检查的主要指征是:先天性视网膜病变筛查(如 Leber 先天性黑矇)、视觉发育评估、外伤后视功能评估。这些指征在儿童中相对集中,而成人 ERG 更多用于视网膜色素变性随访、药物毒性监测,开单分散在多个专科。这解释了为什么儿童条数在每一类协议中都多于成人。

附录 X:如何把这个条目用在真实项目里

X.1 场景一:做一个"ERG 信号质量自动筛查"工具

目标不是诊断,而是在医生判读前先剔除质量不合格的记录。做法:

  1. 用 OculusGraphy 的全部 1,975 条作为"正常质量"基线(假设数据库已做过质量筛选)。
  2. 另外构造扰动样本:加 50 Hz 工频、加基线漂移、随机削顶、加高斯噪声。
  3. 训练一个二分类器区分"原始 vs 扰动"。
  4. 部署时用该分类器的输出作为质量分。

这个用法完全避开了"病理标签粒度粗"的问题,是这份数据最"安全"的用法之一。

X.2 场景二:做一个"协议自动识别"模块

在多中心数据汇总时,常出现"这条信号不知道是哪类协议"的情况。做法:

  1. 用五类协议的标签训练分类器(注意 OP 类只有 20 条,需特殊处理或剔除)。
  2. 特征用 STFT 频谱图 + 波形统计量。
  3. 输出协议概率,低于阈值则标"未知"。

这是一个纯技术任务,标签绝对可靠(协议是采集时记录的,不是判读的),因此模型性能可以做到很高。

X.3 场景三:建立儿童 ERG 正常值参考

  1. 取健康子集中的儿童记录。
  2. 按年龄分箱(需自行推断年龄,数据中可能只有年龄组)。
  3. 计算各协议下 a/b 波幅值与潜伏期的均值、标准差、5%/95% 分位。
  4. 输出一张 percentile 表,供临床判读参考。

这是作者 2021 年 EDM 论文的方向,也是本文 §10.3 反复强调的"被低估的方向"。

X.4 场景四:作为方法论文的对照数据集

若你的方法针对"小样本生理信号分类",OculusGraphy 是一个合适的对照:

  • 规模适中(1,975 条),不会让实验跑不完。
  • 类别不平衡真实存在,考验方法的鲁棒性。
  • 已有 3–4 篇基线论文,可横向比较(注意划分不同,只能比趋势不能比绝对值)。

X.5 不应该做的四件事

  1. 不要用它训"视网膜疾病诊断"模型并宣称临床可用。
  2. 不要把它与 cornorb 合并成"眼科多模态数据集"。
  3. 不要按行随机划分后报告高 AUC。
  4. 不要把 100 ms 截断信号用于 PhNR 研究。

附录 Y:与其他 ERG 相关公开资源的粗略对照

ERG 领域的公开资源分布极不均匀。除 OculusGraphy 外,可提及的方向有:

资源类型 典型形态 公开程度 与 OculusGraphy 的差异
单中心论文附件 数十至数百条波形 需向作者索取 规模小、无统一格式
设备厂商示例库 演示用波形 随机附赠 无标签、无元数据
多中心联盟库 标准化 EDF 需 DUA 规模大但门槛高
教学用数据集 少量典型波形 公开 只用于教学,不适合建模

OculusGraphy 的稀缺性定位:它恰好落在"公开但有一定规模、有标签但标签粗、有论文支撑但无排行榜"这个中间地带。这个位置使它既容易获得,又不足以支撑强结论——使用者必须自己补上严谨性。

附录 Z:全篇术语缩写表

缩写 全称 中文
ERG electroretinogram 视网膜电图
ffERG full-field ERG 全视野视网膜电图
PERG pattern ERG 图形视网膜电图
mfERG multifocal ERG 多焦视网膜电图
DA dark-adapted 暗适应
LA light-adapted 明适应
OP oscillatory potentials 振荡电位
PhNR photopic negative response 明视负反应
ISCEV International Society for Clinical Electrophysiology of Vision 国际视觉电生理学会
STFT short-time Fourier transform 短时傅里叶变换
CWT continuous wavelet transform 连续小波变换
DTL Dawson-Trick-Litzkow electrode DTL 角膜电极
RF random forest 随机森林
DT decision tree 决策树
ViT vision transformer 视觉 Transformer
AUC area under ROC curve ROC 曲线下面积
LOSO leave-one-subject-out 留一受试者交叉验证
DAIMS Data and Information Management System(本文用作数据质量评估框架简称) 数据评估维度框架
IRTC ISTC Eye Microsurgery(叶卡捷琳堡眼科显微手术中心) 采集机构
UrFU Ural Federal University 乌拉尔联邦大学
FAU Friedrich-Alexander-Universität 埃尔朗根-纽伦堡大学

附录 AA:同一受试者的信号相关性有多强

这一节讨论一个在使用这份数据时无法回避、但公开材料完全没谈的问题:同一受试者的多条记录之间,相关性到底有多大?

AA.1 为什么必须关心

1,975 条 / 323 人 ≈ 6.1 条/人。如果同人记录的相关系数在 0.8 以上,那么"按行随机划分"等价于把训练集的行复制一份放进测试集。若相关系数只有 0.3,影响就小得多。这个数字决定了 §9.4 的严重程度。

AA.2 从生理学推断

同人不同协议的相关性不高:暗适应弱闪与明适应单闪由不同细胞通路主导,波形形态差异极大,相关系数可能很低。但同人同一协议的左右眼相关性很高:双眼视网膜的发育、退变进程高度同步,a/b 波幅值的左右差异通常在 10% 以内(临床上把左右差异当作对称性指标)。因此:

  • 左眼 → 右眼:相关性高,泄漏风险大。
  • 暗适应 → 明适应:相关性低,泄漏风险小。

AA.3 对划分的实践含义

如果研究只在单一协议上建模(例如只用最大反应),那么同人双眼记录的泄漏是主要风险,必须按人分组。如果研究跨协议混训,同人跨协议的泄漏较小,但"同人同协议双眼"的泄漏仍然存在。结论:无论哪种情况,按受试者分组都是必须的。

AA.4 如何自测

在没有受试者 ID 的情况下(若字段缺失),可用波形相似度做无监督聚类:对同一协议的信号两两计算 DTW 距离或相关系数,若出现明显的成对高相似簇,即为同人双眼记录。这可以作为"受试者 ID 恢复"的替代方案。

附录 AB:信号预处理顺序的敏感性实验设计

生理信号论文的可复现性差,很大一部分来自预处理顺序未报告。这里给出一个可执行的最小敏感性实验设计,供使用者在自己的研究里做补充报告。

AB.1 四个步骤的排列

设四步为:B(基线校正)、F(50 Hz notch)、T(截断到 100 ms)、N(幅值归一化)。四步共有 24 种排列。理论上 B 必须在 F 之前(否则 notch 的瞬态会污染基线),T 必须在 N 之前(否则归一化基于不同长度),其余可交换。

AB.2 最小报告要求

即便不做 24 组全排列,至少应报告:

  1. 基线窗口的起止(如 −20 至 0 ms)。
  2. notch 的 Q 值与谐波数量。
  3. 截断长度与是否补零。
  4. 归一化方式(逐条 z-score / 全局 min-max / 不归一)。

AB.3 预期结论

按经验,归一化方式对结果影响最大,其次是截断长度,再次是 notch 参数,基线窗口影响最小。如果一篇论文只报模型结构不报预处理,其结果基本不可复现。

附录 AC:为什么这份数据适合做"教学用数据集"

从教学角度看,OculusGraphy 有几个罕见的优点:

  1. 规模刚好:1,975 条对课堂作业来说不会跑不完,也不至于太少而无法分层交叉验证。
  2. 格式极简:一个 xlsx,无需专用读取库。
  3. 物理意义清晰:a 波、b 波、OP 都有明确的细胞来源,学生能"看见"信号与生理的对应。
  4. 缺陷真实:类别不平衡、信号长度不齐、受试者分组问题,全是真实世界的坑,适合作为"数据质量"课程的案例。
  5. 有配套论文:三篇方法论文构成一条从传统特征到深度学习的教学线。

教学建议的六个实验:

  • 实验一:读数据,画五类协议各十条波形,肉眼分辨差异。
  • 实验二:提取 a/b 波幅值与潜伏期,画分布直方图。
  • 实验三:做按行随机划分 vs 按受试者分组划分的对比,观察 AUC 差异。
  • 实验四:STFT 频谱图 + 随机森林基线。
  • 实验五:换窗函数,观察性能波动。
  • 实验六:讨论"81.2% 意味着什么",写一份 500 字的批判性评述。

附录 AD:条目自评与待改进项

AD.1 本条目做得较好的地方

  • 双口径(1,974 / 1,975)与双 DOI 全部存照,未擅自取舍。
  • 与 cornorb 的消歧在四处重复设置锚点,降低误读概率。
  • 所有硬数字标注来源编号(S1–S8),可回溯。
  • 明确区分"论文报告的数字"与"推断的结构"(如 xlsx 列名)。

AD.2 本条目已知的不足

  • 未能获得 IEEE DataPort 记录页的许可条款原文,§6.1 只能写"以页面为准"。
  • 未能获得 2021 年 EDM 论文全文,正常值的具体数值未纳入。
  • xlsx 逐列字段结构为推断,未做实际下载核验(受网络预算与沙箱限制)。
  • 五类协议全库逐类条数未公开,只给出 425 条子集的分布。

AD.3 若后续能补

  1. 下载 v2.xlsx 实际读取列名与条数,替换 §2.3 的推断描述。
  2. 获取 DataPort 页面许可条款,补齐 §6.1。
  3. 若能取得 EDM 2021 全文,补一张儿童/成人正常值参考表。
  4. 若能联系作者,确认儿童/成人分界年龄与双眼记录比例。

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