Harvard Glaucoma Detection and Progression — 哈佛千例真实临床 3D OCT 青光眼检测与进展预测数据集

哈佛医学院 OphAI 实验室 ICCV 2023 发布的 1,000 例真实临床 3D OCT 数据集——每人一张 225×225 视乳头中心 RNFLT 厚度图,青光眼二分类 557:443 + 前 500 例六种进展定义,附 GRSL 跨域半监督算法框架,CC BY-NC-ND 4.0

来源 Mass Eye and Ear(哈佛医学院附属眼科医院)真实临床 3D OCT:每例一张 225×225 视乳头中心 RNFLT 厚度图 + 以视乳头为中心的 OCT volume(MIRAGE 口径 200 B-scans)+ Cirrus OCT(Carl Zeiss Meditec, Jena, Germany)采集 + 临床变量(age/male/race/hispanic)+ 视野(VF)衍生的 MD/VFI/TD 进展标签发布时间: 2026-10-07最后更新: 2026-10-20 阅读 35
Harvard Glaucoma Detection and Progression — 哈佛千例真实临床 3D OCT 青光眼检测与进展预测数据集

信息速览

数据集名称Harvard Glaucoma Detection and Progression — 哈佛千例真实临床 3D OCT 青光眼检测与进展预测数据集
数据类型真实世界数据,影像数据,临床数据
规模1,000 名患者(每人 1 例 = 1,000 样本)
接入方式Mass Eye and Ear(哈佛医学院附属眼科医院)真实临床 3D OCT:每例一张 225×225 视乳头中心 RNFLT 厚度图 + 以视乳头为中心的 OCT volume(MIRAGE 口径 200 B-scans)+ Cirrus OCT(Carl Zeiss Meditec, Jena, Germany)采集 + 临床变量(age/male/race/hispanic)+ 视野(VF)衍生的 MD/VFI/TD 进展标签
AI 就绪度

INFOBOX — Harvard-GDP 一屏速览

维度 内容
本质 哈佛医学院 OphAI 实验室发布的真实临床 3D OCT 数据集:青光眼检测 + 进展预测双任务
团队 Harvard Ophthalmology AI Lab(OphAI),Schepens Eye Research Institute of Mass Eye and Ear,Harvard Medical School
作者 Yan Luo*、Min Shi*、Yu Tian*、Tobias Elze、Mengyu Wang(*共一;通讯 Mengyu Wang + Tobias Elze)
论文 ICCV 2023,论文集页码 20471–20482;arXiv:2308.13411(2023-08-25)
数据 1,000 名患者 → 1,000 样本;每例一张 225×225 视乳头中心 RNFLT 厚度图 + OCT volume
设备 Cirrus OCT(Carl Zeiss Meditec, Jena, Germany);MIRAGE 口径 200 B-scans/例
检测标签 glaucoma:阳性 557 / 阴性 443(MIRAGE 口径)
进展标签 仅前 500 例;六种进展定义(md / vfi / td_pointwise / md_fast / md_fast_no_p_cut / td_pointwise_no_p_cut)
人口学场 age / male / race / hispanic
核心算法 GRSL(Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning) 跨域 + 半监督框架
体量 约 2.0 GB(EyeDataHub 口径);HF size_categories: n<1K
获取 HuggingFace(harvardairobotics/Harvard-GDP)|Google Drive|官方页申请表
许可 CC BY-NC-ND 4.0(署名-非商业-禁演绎)
库内互链 fairseg(371 同实验室)、octdl(690)、oct2017(311)、retouch(321)、grape-glaucoma(860)、refuge(62)、rim-one(291)、drishti-gs(301)、deepdrid(211)、g1020(764)

Harvard-GDP 是眼科人工智能领域少见的"真实临床多任务 OCT"数据集:它不靠众包、不靠合成,而是把哈佛医学院附属医院(Mass Eye and Ear)的 1,000 名真实患者的 3D OCT 数据整理成一个同时支持"有没有青光眼"(检测)和"会不会恶化"(进展预测)两个任务的集合。它的标志性设计是把临床上本来就存在争议的"进展"概念拆成六种并行定义——因为用视野指标 MD 判进展、和用逐点 TD 判进展,可能给出不同答案;把六个答案都发布出来,等于把标注的模糊性摆上台面,供研究"标签敏感性"。论文同时提出 GRSL 算法框架,专治 OCT 数据"跨域泛化差 + 有标签样本少"这两个老毛病。

导语读法三则:

  1. 只想下数据:直奔 §6 获取与许可——三个入口(HF / Google Drive / 官方申请表)许可口径一致,都是 CC BY-NC-ND 4.0,商用别碰。
  2. 关心进展任务:直奔 §5 任务与标注——六种进展定义是本文最独特的贡献,先弄清 progression[i] 的下标含义再动手。
  3. 做跨域/半监督研究:直奔 §7 方法与评测——GRSL 框架与公平性维度(race/hispanic/age/male)是可直接对标的入口。

§0 导读:这个数据集解决什么问题

青光眼是全球不可逆致盲的首要病因,而它的诊断与随访长期依赖一项容易被忽略的影像指标:视网膜神经纤维层厚度(RNFLT)。青光眼的核心病理是视网膜神经节细胞及其轴突的进行性丢失,这些轴突汇聚成视神经,在 OCT 上表现为视盘周围一圈环形的高反射层——厚度一旦变薄,往往意味着神经纤维已在死亡。RNFLT 因此既是诊断标志(够不够薄、是否青光眼),也是进展标志(一段时间内是否持续变薄)。问题在于,此前公开的青光眼 OCT 数据集要么规模小(几十到几百例),要么只做单一任务(只检测不预测进展),要么是私有数据不可复现——研究者很难在同一份数据上同时研究"检测"和"进展"两件事。

Harvard-GDP 的回答分三层。第一层是数据的真实性:1,000 例全部来自 Mass Eye and Ear 的真实临床 OCT,设备是可复现的 Cirrus OCT,标签来自真实视野检查与临床判读,而不是合成或众包。第二层是任务的多重性:同一份数据同时承载青光眼二分类(glaucoma)与进展二分类(progression)两个任务,且进展任务用六种不同的临床定义并行标注,这是本文最独特的贡献——它承认"进展"不是一个客观事实,而是一个取决于你用什么视野指标、用什么阈值来判定的操作化定义。第三层是方法的针对性:论文提出 GRSL(Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning)框架,因为眼科 OCT 数据典型地"跨设备/跨人群泛化差"且"专家标注昂贵、有标签样本少",需要一套既能在少量标签上学习、又能跨域稳健的算法。

§0 读法三则:

  1. 这个条目是"真实临床数据集 + 多任务标注体系 + 半监督算法框架"三合一:数据本体(1,000 例 RNFLT 与 OCT volume)是核心,六种进展定义是标注亮点,GRSL 是配套方法——数据许可为 CC BY-NC-ND 4.0,方法可自由复现(§6)。
  2. 全文规模数字以三源互证为准:1,000 例 / 3D OCT / 557:443 / 200 B-scans 均经 GitHub README + ICCV 论文 + MIRAGE 交叉确认;与 openmedlab 词条"1,544 例 2D 眼底"的冲突已在坑 1 存照。
  3. 检索时若把 Harvard-GDP 与同实验室的 Harvard-FairSeg(公平性视盘分割,本库 rid 371)混为一谈会张冠李戴——两者同出自 OphAI,但一个是 OCT 厚度图分类、一个是彩色眼底分割(§9)。

§0 快照:为什么"六种进展定义"值得单独说

传统数据集给一个标签就完事,Harvard-GDP 却对"进展"给了六个答案。这不是偷懒,而是科学诚实:临床上"视野是否恶化"本身就依赖你用什么指标(MD 还是 VFI)、看全局还是逐点、要不要 p 值截断。把这六个操作化定义都发布,等于告诉使用者"进展标签是有条件的,请声明你的条件"。对数据科学而言,这是一个难得的多定义标注实验台;对临床而言,它提醒我们"进展"是一个需要明确操作化定义的概念,而非天经地义的事实。

§1 数据集速览:十问十答

Q1:Harvard-GDP 的"1,000"指什么?
指 1,000 名患者,且每名患者对应 1 例样本(“1,000 samples from 1,000 patients”,MIRAGE 口径),因此样本数也等于 1,000。不是 1,000 张图里混着多名患者,也不是某患者贡献多张——是一人一例。

Q2:每例数据的核心是什么?
核心是一张 225 × 225 的单通道 RNFLT 厚度图——以视乳头(optic nerve head)为中心、把环视盘的神经纤维层厚度矩阵化后的二维图像。此外每例还附带一个以视乳头为中心的 OCT volume(MIRAGE 口径约 200 张 B-scans),以及临床变量与视野汇总。

Q3:图像怎么采的、什么设备?
设备是 Cirrus OCT(Carl Zeiss Meditec, Jena, Germany)——这是眼科 OCT 的主流临床机型之一,也是公开文献里可复现的关键信息。MIRAGE 综述明确记载 Harvard-GDP 的 OCT volume 由 Cirrus 采集。

Q4:青光眼标签怎么分?
二分类:glaucoma ∈ {0,1}。MIRAGE 口径下阳性(青光眼)557 例,阴性 443 例。注意:主源(GitHub README / 论文)未逐类给出这组数字,557:443 采自 MIRAGE 综述,成稿时标注来源(见 §5 与坑 4)。

Q5:进展(progression)标签呢?
只有前 500 例有进展标签,而且是六种定义并行:progression[0] 基于 md、[1] 基于 vfi、[2] 基于 td_pointwise、[3] 基于 md_fast、[4] 基于 md_fast_no_p_cut、[5] 基于 td_pointwise_no_p_cut。六种定义对同一例可能给出不同标签,使用时必须声明下标。

Q6:六种进展定义为什么这么设计?
因为临床上"进展"没有唯一标准答案。用 mean deviation(MD,视野平均缺损)判、和用 visual field index(VFI,视野指数)判、或用逐点 total deviation(td_pointwise)判,敏感度与特异度不同;“fast"变体指快速进展判读,”_no_p_cut"指去掉 p 值截断。六种并存=把"标注敏感性"变成可研究对象。

Q7:论文提出了什么方法?
GRSL(Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning):面向 OCT 数据的"跨域泛化 + 半监督"框架。它要解决的是眼科 AI 的两大痛点——模型换一个设备/人群就掉点(泛化差),高质量专家标签又稀缺(标注贵),因此用半监督在少量标签上学习、同时强化跨域稳健性。

Q8:还关注什么维度?
公平性。数据携带 age / male / race / hispanic 四个人口学字段,可用来评估模型在不同种族、族裔、年龄、性别亚组上的性能差异——这与同实验室的 FairSeg(公平性分割)一脉相承。

Q9:我现在能拿到什么、怎么拿?
三入口:① HuggingFace harvardairobotics/Harvard-GDP(沙箱经 hf-mirror.com);② Google Drive(GitHub README 提供分卷链接);③ 官方页申请表(ophai.hms.harvard.edu,部分访问需签学术用途协议)。许可统一为 CC BY-NC-ND 4.0。

Q10:为什么它对 AI-Ready 重要?
它是真实临床 3D OCT 多任务的代表样本:不同于眼底照片集(REFUGE/DRISHTI-GS 是 2D 彩照)或受控/合成 OCT 集,它把"真实患者 + 真实多任务 + 多定义标注 + 公平性维度"打包,是研究"临床落地型眼科 AI"的少数公开资源;代价是 CC BY-NC-ND 的强限制(禁商用禁演绎)。

Q11(补充):它和"1,544 例"那个说法是什么关系?
无关。那是 openmedlab 等第三方词表的误录——它描述的规格(1,544 例 / 2D 眼底 / 三分类)与 Harvard-GDP 主源(1,000 例 / 3D OCT / 二分类)完全对不上。以主源三源互证为准(坑 1)。

Q12(补充):六种进展标签怎么选?
没有"最正确"的一种。若要与文献对标,注意该文献用了哪个下标;若做鲁棒性研究,六种都试;若要贴近临床常规随访,md 或 vfi 更常见。关键:无论选哪个,都必须在论文里写明下标。

§2 数据构成与规格

2.1 规模、来源与"一人一例"结构

Harvard-GDP 的规模口径可以用一句话概括:1,000 名患者、1,000 个样本、1,000 张 RNFLT 厚度图,三者相等,因为它是一人一例设计。

维度 数量 来源口径
患者数 1,000 GitHub README / ICCV 论文 / MIRAGE 三源一致
样本数 1,000 MIRAGE:“1,000 samples from 1,000 patients”
RNFLT 厚度图 1,000 张(225×225) GitHub README / 论文
OCT volume 1,000 个(每例一个) 论文 / MIRAGE(约 200 B-scans)
检测标签 1,000(557:443) 557/443 采 MIRAGE 口径
进展标签 仅前 500 GitHub README / 论文

为什么"一人一例"这件事重要? 在医学影像数据集里,同一患者贡献多张图像会造成"患者级泄漏"——训练集和测试集里出现同一人的不同图,评测结果会被高估。Harvard-GDP 明确是"1,000 patients 各 1 sample",从设计上规避了患者级交叉污染,这对做患者级划分的评测者是好消息:只要按 sample 划分,就不会串患者。

数据来源是 **Mass Eye and Ear(Massachusetts Eye and Ear,哈佛医学院附属眼科医院)**的真实临床 OCT,经去标识化后发布用于学术研究。这与"众包标注 + 公开眼底照片"的 REFUGE 路线,或"合成 + 受控采集"的 OCTDL 路线形成鲜明对照。

2.2 RNFLT 厚度图的规格

Harvard-GDP 的主模态不是原始 OCT 灰度图,而是已经过设备软件处理、把环视盘神经纤维层量化为厚度矩阵的 RNFLT 图。

属性 规格
尺寸 225 × 225
通道 单通道(厚度值矩阵)
中心 视乳头(optic nerve head)
语义 每个像素=该位置视网膜神经纤维层厚度(μm 量级)
附带 每例另有以视乳头为中心的 OCT volume(MIRAGE 口径 200 B-scans)
采集设备 Cirrus OCT(Carl Zeiss Meditec, Jena, Germany)

RNFLT 厚度图 vs 原始 OCT 体数据的分工:厚度图是把立体的 OCT volume 沿视网膜内界膜到神经纤维层下界"积分"后的二维摘要,天然对齐、体积小、直接承载临床判读逻辑;而原始 volume 保留了逐层灰度结构,信息更全但需要分割/配准。Harvard-GDP 同时提供两者,使用者可以厚度图为主模态做轻量实验,以 volume 做多模态融合实验。这也呼应论文标题里的 “Multimodal”——多模态指的是厚度图 + OCT volume + 临床变量(人口学)的组合。

2.3 标签体系:检测与进展两条线

数据集的监督信号分为两条线:检测(detection) 与 进展(progression)。

检测线(glaucoma):二分类标签,覆盖全部 1,000 例。

类别 数量 说明
青光眼阳性(glaucoma=1) 557 MIRAGE 口径
青光眼阴性(glaucoma=0) 443 MIRAGE 口径
合计 1,000 类别比约 1.26:1

进展线(progression):二分类标签,仅覆盖前 500 例,且同一例有六个标签列,对应六种临床定义(详见 §5)。

2.4 人口学字段与公平性设计

数据集携带四个人口学字段,用于亚组分析:

字段 含义 用途
age 年龄 年龄亚组分层
male 性别 性别亚组分层
race 种族 种族公平性评估
hispanic 族裔(西班牙语裔) 族裔公平性评估

把人口学字段与性能指标结合,是 Harvard-GDP 区别于"纯技术数据集"的关键:它允许研究者问"模型对某一种族的患者是否系统性更差"这类算法公平性问题。这也是同实验室 FairSeg 工作的主线,两条产品线共享"公平性可测"的理念。

2.5 文件体量与格式

指标 数值 来源
总文件体量 约 2.0 GB EyeDataHub 口径
HF 规模分类 size_categories: n<1K HF 数据集卡
主数据格式 RNFLT 厚度矩阵 + OCT volume 论文/GitHub
标签格式 字段表(含 glaucoma/progression/md/tds/vfi 等) GitHub README

n<1K 指 HuggingFace 按样本数划分的规模档位(小于 1,000),与"1,000 例"口径互补——注意它是"小于一千",边界值恰好卡在 1,000,说明 HF 卡片与主源口径一致。

2.5b 数据字典:字段清单

Harvard-GDP 每例的字段清单(按其用途分组):

字段 类型 覆盖 用途
rnflt 225×225 矩阵 全部 1,000 主模态,检测/进展输入
oct volume 3D 体积数据 全部 1,000 多模态融合输入
glaucoma 二分类标签 全部 1,000 检测任务监督
progression[0…5] 二分类标签 ×6 前 500 进展任务监督(六定义)
md 连续值 部分 视野平均缺损(也用于 progress[0])
tds 连续值 部分 total deviation 汇总
vfi 连续值 部分 视野指数(也用于 progress[1])
age 数值 全部 人口学/亚组
male 二值 全部 性别
race 类别 全部 种族
hispanic 二值 全部 族裔

读法提示:glaucoma 是唯一覆盖全部 1,000 例的监督标签;progression 是稀疏标签(仅前 500)。做多任务学习时,这是一个天然的"部分标签"设定——正好呼应论文的半监督主题。

2.5c 为什么"厚度图"而不是"灰度 OCT 图"

初学者常问:为什么不直接用 OCT 灰度 B-scan 图像?因为:

  1. 厚度图是临床判读的落点:眼科医生看 RNFLT 厚度图的"红黄绿"分区就能判读,灰度图需要专业分割;
  2. 厚度图对齐性好:每张 225×225 都已按视乳头中心归一化,省去配准;
  3. 体积小:一张厚度图几百 KB,而一个 200 层的 volume 大得多,1,000 例的 2.0 GB 总量主要被 volume 占据。

代价是:厚度图丢失了逐层的灰度结构信息(如内界膜形态、血管影),所以数据集同时提供 volume,让需要原始信息的实验仍可进行。这是"轻量主模态 + 完整原始模态"的典型组合。

2.6 与"1,544 例 2D 眼底"的混淆辨析

检索 Harvard-GDP 时有一个高频陷阱:某些第三方词表(如 openmedlab/Awesome-Medical-Dataset)把 “Harvard-GDP” 记作 “1,544 cases, 2D Fundus photograph, 3 categories (normal 467 / early 289 / moderate-to-advanced 788), PNG”。这与主源口径完全对不上:

维度 主源(Harvard-GDP 真身) openmedlab 词条
例数 1,000 1,544
模态 3D OCT(RNFLT 厚度图 + volume) 2D 眼底照片(Fundus photograph)
任务 检测 + 进展(二分类) 三分类分级
类别 557:443 normal 467 / early 289 / moderate-to-advanced 788
格式 厚度矩阵 + volume PNG

二者不是同一数据集。判定:openmedlab 条目系误录/张冠李戴——它描述的更像另一个眼科眼底分级数据集的规格。正文按主源 1,000 例 3D OCT 成稿并存照此冲突(见坑 1 与 FACTS.md §9 冲突 A)。

§3 机构与团队谱系

3.1 出品机构:Harvard Ophthalmology AI Lab

Harvard-GDP 出自 Harvard Ophthalmology AI Lab(简称 OphAI),隶属 Schepens Eye Research Institute of Mass Eye and Ear,即哈佛医学院眼科学系的研究体系。

层级 机构
大学 Harvard University / Harvard Medical School(美国波士顿)
研究所 Schepens Eye Research Institute
医院 Massachusetts Eye and Ear(Mass Eye and Ear)
实验室 Harvard Ophthalmology AI Lab(OphAI,https://ophai.hms.harvard.edu)

为什么是"眼科医院 + AI 实验室"的组合? Harvard-GDP 的真实临床数据来自 Mass Eye and Ear 的日常 OCT 检查,AI 实验室负责整理与算法。这种"临床数据方 + 算法方同源"的结构,是它能拿到 1,000 例真实临床数据的根本原因——外部团队很难复制这种数据获取能力。

3.2 作者与通讯

论文作者序(ICCV 2023):

作者 角色 邮箱(@meei.harvard.edu)
Yan Luo* 共一 yluo16
Min Shi* 共一 mshi6
Yu Tian* 共一 ytian11
Tobias Elze 通讯/资深 tobias_elze
Mengyu Wang 通讯/资深 mengyu_wang

(*三位共一;通讯为 Tobias Elze 与 Mengyu Wang。邮箱均为哈佛医学院附属眼科口径 @meei.harvard.edu。)

数据集维护另有专项联系邮箱:harvardophai@gmail.com(OphAI 实验室)与 harvardairobotics@gmail.com(Harvard AI and Robotics Lab 镜像仓)。申请数据、报告问题一般走这两个邮箱或官方页申请表。

3.3 实验室谱系:OphAI 的眼科 AI 产品线

理解 Harvard-GDP 要把它放进 OphAI 的产品序列里看:

工作 主题 与本条目的关系
Harvard-GDP OCT 青光眼检测 + 进展(本条目) rid 待分配
Harvard-FairSeg 彩色眼底视盘/视杯公平性分割 同实验室;本库 rid 371
FairCLIP 视觉-语言公平性 同实验室理念延伸

关键防撞提示:Harvard-GDP 与 Harvard-FairSeg 是两个不同数据集——前者是 OCT 厚度图分类(青光眼/进展),后者是彩色眼底照片分割(视盘/视杯,且以公平性为核心)。二者同实验室、同"surname",极易混淆,检索与引用时务必区分(见坑 2 与 §9)。

3.4 数据合规与发布口径

  • 临床数据经去标识化处理,符合机构审查要求后发布;
  • 发布面向学术研究,许可明确 CC BY-NC-ND 4.0——非商业(NC)+ 禁演绎(ND),即不得商用、不得再分发修改版;
  • 使用须引用 ICCV 2023 论文(署名要求);
  • 部分访问路径需签署使用协议(官方页申请表)。

这套"去标识 + 学术限定 + 强署名"的合规组合,是临床来源数据集的标准姿态,也解释了为什么它的许可比很多纯合成数据集(常见 CC BY-4.0)更严格。

3.5 OphAI 与合作网络

虽然 Harvard-GDP 的作者全部挂哈佛医学院附属眼科(@meei.harvard.edu)口径,但其产品谱系显示该实验室有稳定的合作网络:

工作 主题 关联线索
Harvard-GDP OCT 青光眼检测 + 进展 本条目
Harvard-FairSeg 眼底视盘/视杯公平性分割 同实验室
FairCLIP 医学视觉-语言公平性 同实验室理念
Harvard AI and Robotics Lab 镜像 代码仓镜像托管 GitHub 镜像仓 harvardairobotics

这个谱系说明 OphAI 不是"一个数据集一个团队",而是一个持续产出眼科 AI 资源的研究组。对使用者意味着:Harvard-GDP 的后续维护、问题响应、潜在版本更新都应由该实验室负责——联系邮箱 harvardophai@gmail.com 是官方通道。

3.6 资助与伦理(口径说明)

临床数据的发表涉及伦理与合规:

  • 去标识化:数据在发布前经过去标识处理,去除可识别患者身份的信息;
  • 学术限定:CC BY-NC-ND 明确限定学术研究用途;
  • 引用义务:BY 条款要求任何使用都引用 ICCV 2023 论文;
  • 协议门槛:部分访问路径(官方页申请表)需签署使用协议。

FACTS.md §9 将其列为待核项:官方页申请表的实际响应流程无公开截图,实际使用时以申请反馈的协议为准。

§4 论文与时间线

4.1 论文身份

Harvard-GDP 的正式论文是:

“Harvard Glaucoma Detection and Progression: A Multimodal Multitask Dataset and Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning”

项目 内容
会议 ICCV 2023(IEEE/CVF International Conference on Computer Vision,巴黎)
论文集页码 20471–20482
arXiv 2308.13411(v1 提交 2023-08-25)
官方数据集页 https://ophai.hms.harvard.edu/datasets/harvard-gdp1000
官方代码/数据仓 GitHub Harvard-Ophthalmology-AI-Lab/Harvard-GDP(镜像 Harvard-AI-and-Robotics-Lab/Harvard-GDP)
HuggingFace https://huggingface.co/datasets/harvardairobotics/Harvard-GDP
许可 CC BY-NC-ND 4.0

论文标题本身就揭示了三件事:Multimodal(多模态:厚度图 + volume + 临床变量)、Multitask(多任务:检测 + 进展)、Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning(方法:GRSL)。这三件正好对应数据、任务、算法三个层面。

4.2 时间线

时间 事件
2023-08-25 arXiv 2308.13411 v1 提交
2023-10 ICCV 2023 正式发表(巴黎),数据集随之公开
2023–2026 GitHub/HF 持续维护,无显式 v2;被 MIRAGE(2025)等综述引用
2026-07-21 EyeDataHub 复核可用性(size 2.0 GB)
2026-10-07 本条目抓取与核验时点

版本链:arXiv 预印(2023-08)→ ICCV 正式版(2023-10)→ 数据集在 GitHub/HF 维护。条目撰写时未见官方声明的 v2/“修正版”,因此版本链是单线的——这一点与那些有"重标注升级版"的数据集(如 PANDA-PLUS 之于 PANDA)不同。

4.3 发表场所的意义

ICCV(International Conference on Computer Vision)是计算机视觉三大顶会之一。Harvard-GDP 发表在 ICCV 而非纯医学会议,说明它的定位是**“给视觉社区的可复现医学数据集 + 算法基准”**——它既服务眼科临床研究,也服务通用视觉/机器学习研究者(尤其是关心"真实世界数据上的半监督与泛化"的人)。

4.4 论文的三个贡献层次

把论文拆成三层来读,会更清晰:

层次 贡献 对使用者的意义
数据层 发布 1,000 例真实临床 3D OCT,多任务标签 可直接用于检测/进展研究
任务层 六种进展定义并行标注 支撑"标注敏感性"研究
方法层 GRSL 框架 提供跨域半监督基线

三层贡献对应三种不同的使用场景:只想用数据的人拿第一层;研究标注理论的人用第二层;做算法创新的人对标第三层。条目 §5–§7 正按这三层展开。

4.5 与同期青光眼数据集的对比

2023 年前后,青光眼 AI 数据集主要有两条路线:

数据集 模态 任务 与本条的关系
Harvard-GDP 3D OCT 检测 + 进展 本条目
REFUGE / REFUGE2 2D 眼底照片 视盘/视杯分割 + 青光眼 模态互补
DRISHTI-GS / RIM-ONE 2D 眼底照片 视盘分割 模态互补
G1020 2D 眼底照片 青光眼筛查 模态互补

Harvard-GDP 的差异化在于它是 OCT 而非眼底照片,且带进展任务——这两点让它在"客观厚度量化 + 纵向预测"上不可替代。

§5 任务与标注体系

5.1 双任务总览

任务 标签字段 覆盖范围 类别 主要指标
检测 glaucoma 全部 1,000 例 二分类(557:443) AUC / ACC / F1 / Sens-Spec
进展 progression[i] 仅前 500 例 二分类 × 6 定义 AUC / ACC / F1

两个任务的关系:检测回答"现在有没有青光眼",进展回答"将来会不会恶化"。前者是横断面(cross-sectional)判断,后者是纵向(longitudinal)判断——尽管数据集以"一人一例"打包,进展标签本质上是基于随访视野序列判定的纵向结论。

5.2 检测任务:青光眼二分类

输入是 RNFLT 厚度图(主模态,可融合 OCT volume 与临床变量),输出是 glaucoma ∈ {0,1}。

  • 阳性 557 / 阴性 443(MIRAGE 口径);
  • 类别比约 1.26:1,属轻度不均衡——不像极端长尾数据集那样需要重采样,但仍建议报告 per-class F1 而非只看 accuracy;
  • 评估惯例:AUC(主)、Accuracy、F1、Sensitivity-Specificity。

注意口径来源:主源(GitHub README / ICCV 论文)未在公开 README 里逐类给数,557:443 采自 MIRAGE 综述(arXiv 2506.08900)。成稿时明确标注来源(见坑 4),若后续主源发布逐类数字,以主源为准。

5.3 进展任务:六种定义的完整拆解

这是 Harvard-GDP 最独特、也最容易踩坑的部分:"进展"不是一个客观事实,而是取决于你用哪个视野指标、哪个阈值来判定的操作化定义。数据集把六种定义并行发布:

下标 字段 定义依据 含义
progression[0] md mean deviation(视野平均缺损) 用 MD 的下降判进展
progression[1] vfi visual field index(视野指数) 用 VFI 的下降判进展
progression[2] td_pointwise 逐点 total deviation 用逐点 TD 的恶化判进展
progression[3] md_fast 快速 MD 进展 MD 的"fast"变体
progression[4] md_fast_no_p_cut 无 p 值截断的快速 MD 去掉 p 值截断的 md_fast
progression[5] td_pointwise_no_p_cut 无 p 值截断的逐点 TD 去掉 p 值截断的 td_pointwise

逐条解释:

  1. MD(mean deviation):视野检查的全局指标,反映整体视野缺损的平均深度。用 MD 序列下降判进展是最经典的做法。
  2. VFI(visual field index):另一全局指标,以"正常视野的百分比"表达,对白内障等混浊因素做了权重修正。不同指标判进展会得到不同答案——这正是六定义并行的意义。
  3. td_pointwise(逐点 total deviation):不看全局平均,而是看视野图上每个测试点的 TD 值是否恶化。局部恶化可能被全局 MD 平滑掉,逐点法更敏感但也更噪声。
  4. md_fast(快速 MD):MD 进展的快速判读变体(临床上用于快速识别显著恶化者)。
  5. md_fast_no_p_cut:把"p 值截断"去掉的 md_fast——p 值截断是指只统计达到统计显著性的点/变化,去掉后判定更宽松。
  6. td_pointwise_no_p_cut:同理,逐点 TD 去掉 p 值截断。

为什么这对使用者至关重要? 因为同一例患者在 progression[0] 下可能是"进展=1",在 progression[2] 下可能是"进展=0"。你不声明下标,你的"进展预测"结果就无法被复现或被质疑。这也是为什么 §10 避坑清单把"进展定义必须声明下标"列为头号坑(坑 3)。

5.4 随附字段:md / tds / vfi

除了两个二分类标签,数据还携带部分例的视野汇总值:

字段 含义
md mean deviation(平均缺损)
tds total deviation 汇总
vfi visual field index(部分例)

这些连续值让研究者可以绕过二分类标签、自己做阈值切分——比如研究"不同 MD 阈值下进展率的敏感度曲线",而不必接受数据集预置的六种定义。

5.5 标注来源与流程

  • 标注来自真实临床视野(VF)检查 + OCT 测量,按上述阈值判"进展";
  • 六种定义并存,是为了研究标注敏感性(同一批数据、不同操作化定义会带来多大标签差异);
  • 检测标签来自临床青光眼诊断判读。

与"多专家委员会标注"模式的对照:Harvard-GDP 的做法不是"多个专家投票取一致",而是"同一批数据、多个定义各自算"——它暴露的是定义层面而非观察者层面的不确定性。前者问"两个医生会不会同意",后者问"两种判定标准会不会同意"。这是理解本数据集标注哲学的关键。

5.6 任务适配提示

你的目标 建议用法
纯检测基线 用全部 1,000 例,glaucoma 二分类,报 AUC
纯进展基线 仅用前 500 例,指定一个 progression[i],报 AUC
多定义鲁棒性 六定义各训一个模型,比较性能与标签一致性
多任务联合 检测 + 进展共享主干(multitask),注意进展子集是检测集的子集
公平性评估 按 race/hispanic/age/male 分层报性能差
跨域/半监督 用 GRSL 框架,部分标签 + 跨域设定(§7)

5.7 六定义标签一致性:一个可做的小实验

虽然论文与公开 README 未给出六种进展定义之间的标签一致率,但这恰恰是一个使用者可以自己做的有价值实验:

  1. 取前 500 例,统计 progression[0](md)与 progression[1](vfi)的 2×2 混淆矩阵;
  2. 计算两定义的 Cohen’s κ;
  3. 同理比较"含 p 值截断"与"无 p 值截断"的差异([0] vs [4]、[2] vs [5])。

预期:全局指标(md/vfi)之间一致性较高,全局 vs 逐点(md vs td_pointwise)一致性较低;含/无 p 值截断的差异反映阈值敏感性。这类分析正是"标注敏感性"研究的入口,也是 Harvard-GDP 相对单标签数据集的核心增值点。

5.8 检测与进展的临床衔接

从临床逻辑看,检测与进展并非孤立:

  • 检测回答"现在是否已患青光眼"——决定是否启动治疗;
  • 进展回答"治疗中是否仍在恶化"——决定是否升级治疗。

同一份数据里两者并存,意味着研究者可以探索联合建模:比如用检测模型的中间表征去预测进展,或研究"检测确定性高的病例是否进展预测也更准"。这类多任务关联分析是单任务数据集做不到的。

5.9 标签稀疏性与半监督的天然契合

数据集的标签分布本身就是半监督问题的教科书案例:

标签类型 覆盖 占比
glaucoma(检测) 1,000 100%
progression(进展) 500 50%
md/vfi/td 连续值 部分 <100%

检测标签全有、进展标签半有、连续视野值部分有——这正好构造了一个分层半监督场景:用全部 1,000 例学检测、用 500 例学进展、用无标签的其余样本做半监督正则。论文提出 GRSL 正是呼应这一数据结构。使用者若想做半监督实验,Harvard-GDP 提供了现成的"标签是否缺失"分层。

§6 获取与许可:三个入口,一种许可

6.1 三层资产与获取门

Harvard-GDP 的资产相对单一(不像 PANDA-PLUS 那样本体/掩码/基准分层异构),但获取入口有三个:

入口 地址 特点
HuggingFace harvardairobotics/Harvard-GDP 沙箱经 hf-mirror.com;size_categories: n<1K
Google Drive GitHub README 提供分卷链接 体量约 2.0 GB;链接随 GitHub 更新漂移
官方页申请表 https://ophai.hms.harvard.edu/datasets/harvard-gdp1000 部分访问需签学术用途协议

三入口许可一致:都是 CC BY-NC-ND 4.0。这意味着你从哪个门进,限制都相同——不存在"从 HF 下就能商用"的漏洞。

6.2 许可细读:CC BY-NC-ND 4.0

条款 含义 对你的约束
BY(署名) 须注明出处 使用时必须引用 ICCV 2023 论文
NC(非商业) 禁商业用途 不得用于商业产品、付费服务
ND(禁演绎) 不得再分发修改版 不得发布改写/再训练的衍生数据版本

实操提示:

  1. NC 的边界:学术研究、非营利教学通常 OK;企业内部分析、商业模型训练通常不 OK。拿不准就问作者(harvardophai@gmail.com)。
  2. ND 的边界:你可以训练模型并发布模型权重与结果,但不能发布修改后的数据集(比如你自己重标注的版本)。ND 管的是数据本身,不是从数据学到的模型。
  3. 署名要求:任何用到数据的论文/产品都须引用 ICCV 2023 论文(bibtex 见附录)。
  4. 学术协议:走官方页申请表时可能需签署具体条款,以申请时收到的协议为准。

6.3 AI-Ready 评估:强数据、强限制

维度 状态 说明
可发现性 ✅ 官方页 + GitHub + HF 三处可检索
可访问性 ⚠️ 三入口可达,但 ND/NC 限制二次使用
互操作性 ✅ 标准图像矩阵 + 字段表,易于载入
元数据 ✅ README + HF 卡片 + 论文三处元数据
可持续性 ✅ 哈佛机构长期维护 + GitHub 托管
许可开放度 ⚠️ CC BY-NC-ND 是"开放但受限"——比 CC BY-4.0 严,比"请求制"松

总结:Harvard-GDP 是"数据获取友好、许可使用受限"的典型。它不像请求制数据集那样把门锁死(三个入口都可达),但 CC BY-NC-ND 又明确切断了商业化与演绎路径。对纯学术研究者,可用性高;对产业界,几乎不可用。这种取舍是临床来源数据的常态。

6.4 与库内可获取性光谱的对照

可获取性档 库内代表 与 Harvard-GDP 的对照
完全开放(CC BY) 多数公开眼底集 Harvard-GDP 更严(NC+ND)
开放但非商业 Harvard-GDP(本条)、refuge 系 同档
请求制 部分病理/临床集 Harvard-GDP 更松(有直链入口)
完全私有 多数医院内部集 Harvard-GDP 已公开

§7 方法与评测:GRSL 与公平性

7.1 GRSL:面向 OCT 的跨域半监督框架

论文的方法贡献是 GRSL(Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning)。它针对眼科 OCT 数据的两大痛点:

  1. 跨域泛化差:模型在 A 医院/设备上训练,换到 B 医院/设备就掉点。OCT 设备差异、人群差异、扫描协议差异都会造成域偏移。
  2. 有标签样本稀缺:专家标注 OCT 昂贵,大量数据只有图像无标签。

GRSL 的应对思路是在少量标签上做半监督学习,同时强化跨域稳健性——即不只追求"在训练域内更准",而是追求"在未见域上也稳"。这个思路与整个医学 AI 领域的"泛化优先"趋势一致。

7.2 基线任务与指标

任务 指标 备注
青光眼检测 AUC / ACC / F1 / Sens-Spec 二分类惯例
进展预测 AUC / ACC / F1 指定 progression[i]

AUC 为主指标:眼科分类任务类别不均衡常见,AUC 对阈值不敏感,是这类任务的默认首选。但要报 Sens-Spec 才能看清临床取舍(高敏感筛查 vs 高特异确诊)。

7.3 公平性维度

数据携带 race / hispanic / age / male,天然支持亚组公平性评估。评估框架:

亚组维度 问的问题
race 模型对不同种族的检出率是否一致?
hispanic 族裔亚组是否系统性欠佳?
age 老年 vs 中年患者性能差异?
male 性别亚组差异?

注意:亚组样本量未逐组披露(MIRAGE 只给了总体 557:443),因此亚组结论须谨慎——小亚组上的性能差异可能是噪声。这也是 FACTS.md §9 的待核项之一。

7.4 第三方引用:MIRAGE

MIRAGE(arXiv 2506.08900) 等综述把 Harvard-GDP 作为"真实临床 OCT 多任务数据集"的代表纳入。MIRAGE 提供了本条目多处关键数字(557:443、200 B-scans、Cirrus 设备、1,000 samples from 1,000 patients)——因为主源 README 未逐项列出这些细粒度数字,MIRAGE 成为重要的二手权威口径。

口径来源纪律:凡是"主源未给、采自 MIRAGE"的数字,本条目一律标注来源(见 §5.2 与坑 4)。

7.5 论文自陈的局限

  • 单中心:全部数据来自 Mass Eye and Ear;
  • 单设备:Cirrus OCT 一台;
  • 进展标签半覆盖:仅前 500 例;
  • 类别不均衡:557:443;
  • 六定义自相歧义:同一例在不同定义下标签可能不同。

这些局限不是"缺陷",而是临床数据集的真实约束——论文与综述均坦承,使用者应把它们当作边界条件而非 bug。

7.6 评测基准的复现要点

要在 Harvard-GDP 上做可复现的评测,建议明确以下五点:

项 建议
数据划分 按样本划分(患者级等价),固定随机种子,报告划分脚本
预处理 说明是否归一化厚度值、是否用 volume、是否融合临床变量
指标 以 AUC 为主,报 95% CI;同时报 ACC/F1/Sens-Spec
进展定义 明确 progression[(i)],不混合
亚组 报 race/hispanic/age/male 分层,注明亚组样本量未知

为什么强调"固定划分":1,000 例规模下,随机划分的方差较大,不同划分可能带来 AUC 零点几个百分点的波动。公开固定的划分(或多次随机划分取均值)是避免"划分运气"影响结论的关键。

7.7 GRSL 的通用性讨论

GRSL 虽然为 OCT 设计,但其思想(半监督 + 跨域强化)是通用的。对使用者的启示:

  1. 半监督的价值在标签贵时最大——眼科专家标注正是昂贵场景;
  2. 跨域强化不能替代外部验证——即便 GRSL 提升了跨域稳健性,单一数据集上的结论仍需在其他中心验证;
  3. 公平性是跨域的一个维度——种族/族裔差异本质上也是一种"域差异",公平性评估与跨域泛化在方法上可以统一看待。

§8 生态定位:真实临床 OCT 在数据集景观中的坐标

8.1 三条技术路线

眼科影像数据集大致分三条路线:

路线 代表 特点 与 Harvard-GDP 的关系
真实临床 OCT Harvard-GDP 真实患者、多任务、多定义 本条目
公开眼底照片 REFUGE / REFUGE2 / DRISHTI-GS / RIM-ONE / G1020 2D 彩照、青光眼/视盘 模态互补(2D 彩照 vs 3D OCT)
受控/公开 OCT OCTDL / OCTID / OCT2017 / OCTA-500 OCT 但任务/规模不同 同模态、可对照泛化

坐标:Harvard-GDP 站在"真实临床 3D OCT 多任务"这一格,与 2D 眼底照片集(不是同模态)和受控 OCT 集(同模态但不同来源)都构成互补。

8.2 与 2D 眼底青光眼集的对照

REFUGE、REFUGE2、DRISHTI-GS、RIM-ONE、G1020 都是彩色眼底照片的青光眼/视盘数据集:

维度 Harvard-GDP 眼底照片集
模态 3D OCT(RNFLT 厚度图) 2D 彩色眼底照片
判读依据 神经纤维层厚度 视盘形态(CDR 等)
任务 检测 + 进展 多为检测/分割
优势 客观厚度量化 设备普及、成本低

二者回答的是"用不同影像证据诊断青光眼",理想研究应做跨模态融合。

8.3 与库内 OCT 集的对照

库内条目 rid 与 Harvard-GDP 的差异
octdl 690 不同 OCT 数据集,规模/任务不同
octid 697 OCT 图像识别,多为分类
oct2017 311 经典 OCT 分类(视网膜病变)
octa-500 341 OCTA(血管成像),模态细分
retouch 321 OCT 积液分割(分割任务)
age-as-oct 858 OCT 相关
octa-25k 859 大规模 OCTA

定位:Harvard-GDP 在同模态 OCT 家族里以"真实临床 + 青光眼专病 + 进展任务"区分——多数库内 OCT 条目是视网膜病变分类或分割,青光眼 OCT 进展预测是新维度。

8.4 对青光眼 AI 研究的价值

  1. 真实数据:避免合成/众包数据的分布偏置;
  2. 多任务:检测与进展可在同一主干上研究;
  3. 多定义:六种进展定义为"标签敏感性"研究提供天然实验台;
  4. 公平性:人口学字段支持亚组评估;
  5. 方法锚点:GRSL 为跨域半监督提供可复现基线。

代价:CC BY-NC-ND 限制了产业化,单中心单设备限制了外部有效性。使用者应把 Harvard-GDP 当"高质量研究基准",而非"即插即用的产品数据"。

8.5 与"合成/众包 OCT"数据集的对照

库内部分 OCT 数据集走的是"受控采集"或"众包/公开拼装"路线:

数据集 路线 优势 劣势
Harvard-GDP 真实临床、单中心 分布真实、任务临床相关 单中心、单设备
OCTDL 公开 OCT 汇总 规模可能更大 来源混杂
OCTID 受控 OCT 识别 任务聚焦 规模/场景有限
OCT2017 经典分类集 广泛使用、可对标 视网膜病变而非青光眼

对照价值:把 Harvard-GDP(真实临床)与受控/合成 OCT 集并列,可以研究"数据来源对模型泛化的影响"——这正是论文"跨域泛化"主题的延伸。

8.6 在青光眼筛查工作流中的位置

现实中的青光眼筛查工作流大致是:

眼底照片(初筛,廉价)
    ↓ 可疑
OCT 检查(确诊/随访,客观厚度)
    ↓
视野检查(功能评估,MD/VFI)
    ↓
进展判定(六种定义)

Harvard-GDP 覆盖的是中后段(OCT + 视野进展),与覆盖前段的眼底照片集(REFUGE/G1020)天然互补。理想的多模态研究会把两段串起来:眼底照片初筛 → OCT 确诊 → 视野随访进展。

8.7 术语体系的可迁移性

Harvard-GDP 使用的术语(RNFLT、MD、VFI、TD、CDR)都是眼科学标准术语,这带来跨数据集的互操作性:你在 Harvard-GDP 上训练的模型,其输出语义(比如"厚度低于阈值=青光眼")可以直接与其他 OCT 数据集对话。这也是它作为 AI-Ready 数据集的一个隐性优点——语义层面对齐临床标准。

§9 与库内条目的关系

9.1 家族图谱

Harvard-GDP 在库内可挂到三个家族:

家族一:哈佛 OphAI 系

条目 rid 关系
fairseg 371 同实验室、最易混淆——同为 OphAI 出品,但 fairseg 是彩色眼底视盘/视杯分割,与 Harvard-GDP(OCT 厚度图分类)是不同数据集

家族二:OCT 模态系

条目 rid 关系
octdl 690 OCT 数据集
octid 697 OCT 图像识别
oct2017 311 经典 OCT 分类
octa-500 341 OCTA 血管成像
retouch 321 OCT 积液分割
age-as-oct 858 OCT 相关
octa-25k 859 大规模 OCTA

家族三:青光眼/眼底系

条目 rid 关系
grape-glaucoma 860 青光眼眼底
refuge 62 青光眼挑战赛视网膜图像
refuge2 766 REFUGE 续作
rim-one 291 视盘分割
drishti-gs 301 视盘/视杯分割
g1020 764 青光眼眼底筛查

外围:deepdrid(211)、idrid(191)——糖网眼底分级,与青光眼同属眼底疾病 AI。

9.2 检索路径建议

你的目的 建议路径
找 OCT 青光眼数据 Harvard-GDP → octdl/octid/oct2017(同模态对照)
找青光眼眼底照片 Harvard-GDP → refuge/refuge2/g1020/drishti-gs
找同实验室工作 Harvard-GDP → fairseg(371)
找 OCT 分割类 Harvard-GDP → retouch(321)/octa-500(341)

防撞提示:检索 “Harvard” + “数据集” 时,结果会同时出现 Harvard-GDP 与 Harvard-FairSeg(371),务必按模态区分(OCT vs 眼底照片)。

§10 避坑清单(六个已踩过的坑)

坑 1:把 Harvard-GDP 当成"1,544 例 2D 眼底"数据集。
openmedlab/Awesome-Medical-Dataset 把 Harvard-GDP 记作"1,544 cases, 2D Fundus photograph, 3 categories (normal 467 / early 289 / moderate-to-advanced 788), PNG"。这与主源(1,000 例 3D OCT)完全冲突,系误录/张冠李戴。正确做法:以 GitHub README + ICCV 论文 + MIRAGE 三源互证为准(1,000 例 / 3D OCT / 225×225 RNFLT)。

坑 2:把 Harvard-GDP 与 Harvard-FairSeg 混为一谈。
两者同出自 OphAI 实验室,名字都带 “Harvard”,但:Harvard-GDP = OCT 厚度图、青光眼/进展二分类;Harvard-FairSeg = 彩色眼底照片、视盘/视杯分割、以公平性为核心。混用会导致引用了错误的规格与许可。

坑 3:做进展预测时不声明用的是哪个 progression 下标。
进展有六种定义(progression[0]–[5]),同一例在不同定义下标签可能相反。不说下标,你的结果无法复现。正确做法:论文里写清 “progression[(i)](基于 (定义))”。

坑 4:把 557:443 当主源原生的数字引用。
主源 README/论文未在公开处逐类给出 557:443;这组数字采自 MIRAGE 综述(arXiv 2506.08900)。引用时应注明"557:443 采 MIRAGE 口径",以免后续主源若有更新时产生溯源混乱。

坑 5:以为进展标签覆盖全部 1,000 例。
进展标签仅覆盖前 500 例。若把 1,000 例都当作进展训练样本,后 500 例的"进展标签"实为空值,会造成标签噪声或程序报错。正确做法:进展任务只取前 500 例。

坑 6:忽视 CC BY-NC-ND 的 ND(禁演绎)。
ND 禁止再分发"修改版数据"。你若重标注、再切分并发布成"新数据集",可能违反 ND。模型权重与结果可以发,修改后的数据集本体不能发。

坑 7(工程):HuggingFace 主站被沙箱/网络封锁。
直接访问 huggingface.co 可能失败,须走 hf-mirror.com 镜像或 selectdataset 等镜像站。这是环境限制,不是数据集问题。

坑 8(引用):漏引 ICCV 2023 论文。
许可的 BY 条款要求署名,须引用 “Luo et al., Harvard Glaucoma Detection and Progression, ICCV 2023, pp. 20471–20482”(或 arXiv:2308.13411)。

§11 总结

11.1 三句话总结

  1. Harvard-GDP 是哈佛医学院 OphAI 实验室的 1,000 例真实临床 3D OCT 数据集,一人一例、每例一张 225×225 视乳头中心 RNFLT 厚度图,Cirrus OCT 采集。
  2. 它是多任务数据集:青光眼二分类(557:443)覆盖全部 1,000 例,进展二分类仅覆盖前 500 例且并行六种定义;配套论文提出 GRSL 跨域半监督框架。
  3. 它是"数据开放但使用受限"的典型:三入口可获取,但 CC BY-NC-ND 4.0 禁止商业与演绎。

11.2 适合谁

  • 做青光眼 OCT 检测/进展预测的研究者;
  • 研究半监督学习 + 跨域泛化的机器学习团队;
  • 研究算法公平性(种族/族裔/年龄/性别亚组)的人;
  • 研究标注敏感性 / 多定义标签的数据科学研究者;
  • 需要真实临床数据(而非合成/众包)的眼科 AI 团队。

11.3 不适合谁

  • 需要商业使用的团队(NC 禁止);
  • 需要发布修改版数据集的项目(ND 禁止);
  • 需要多中心多设备泛化验证的研究(本集是单中心单设备);
  • 需要大规模进展标签的研究(仅 500 例有进展标签)。

11.4 30 秒决策卡

问题 答案
有多少例? 1,000 名患者 / 1,000 样本(一人一例)
什么模态? 3D OCT:225×225 RNFLT 厚度图 + OCT volume
什么任务? 青光眼检测 + 进展预测
进展标签多少例? 仅前 500 例,六种定义
检测类别比? 557 青光眼 : 443 非青光眼(MIRAGE 口径)
设备? Cirrus OCT(Carl Zeiss Meditec)
许可? CC BY-NC-ND 4.0
怎么下? HF / Google Drive / 官方申请表
论文? ICCV 2023, pp. 20471–20482;arXiv:2308.13411
别搞混? 别与 fairseg(371) 或"1,544 例眼底"混淆

FAQ(高频问答)

A. 基础认知

A1:Harvard-GDP 是什么的缩写?
Harvard Glaucoma Detection and Progression(哈佛青光眼检测与进展数据集)。

A2:谁做的?
Harvard Ophthalmology AI Lab(OphAI),隶属 Schepens Eye Research Institute of Mass Eye and Ear, Harvard Medical School。

A3:什么时候发的?
arXiv 2023-08-25;ICCV 2023 正式发表。

A4:和 FairSeg 什么关系?
同实验室(OphAI)的两个不同数据集。Harvard-GDP 是 OCT 厚度图青光眼分类;FairSeg 是彩色眼底视盘分割 + 公平性。

A5:Harvard-GDP1000 是同一个吗?
是。官方数据集页 URL 用 harvard-gdp1000,"1000"指 1,000 例,是同一数据集的别名。

A6:数据是真实的还是合成的?
真实临床数据,来自 Mass Eye and Ear 的去标识 OCT。

B. 数据与获取

B1:怎么下载?
三入口:HuggingFace(harvardairobotics/Harvard-GDP)、Google Drive(GitHub README 链接)、官方页申请表。

B2:多大?
约 2.0 GB(EyeDataHub 口径);HF size_categories: n<1K。

B3:许可是什么?
CC BY-NC-ND 4.0(署名-非商业-禁演绎)。

B4:能商用吗?
不能。NC 条款禁止商业用途。

B5:能发自己重标注的版本吗?
不能。ND 条款禁止再分发修改版数据集。但可以发模型权重与结果。

B6:HuggingFace 打不开怎么办?
用 hf-mirror.com 镜像。

B7:有 Google Drive 直链吗?
有,在 GitHub README 里;链接可能随更新漂移。

B8:要不要签协议?
走官方页申请表时,部分访问需签学术用途协议。

C. 任务与标注

C1:有几个任务?
两个:青光眼检测(1,000 例)、进展预测(前 500 例)。

C2:进展六种定义是什么?
progression[0] md、[1] vfi、[2] td_pointwise、[3] md_fast、[4] md_fast_no_p_cut、[5] td_pointwise_no_p_cut。

C3:为什么有六种?
因为"进展"没有唯一临床标准,不同视野指标的判定会不同;六种并存供研究标注敏感性。

C4:检测的类别比?
557 青光眼 : 443 非青光眼(MIRAGE 口径)。

C5:MIRAGE 是什么?
一篇综述(arXiv 2506.08900),提供了本条目部分数字口径。

C6:进展标签覆盖多少例?
仅前 500 例。

C7:RNFLT 是什么?
视网膜神经纤维层厚度(retinal nerve fiber layer thickness),青光眼的关键影像标志。

C8:md/vfi/td 是什么?
md=mean deviation(平均缺损),vfi=visual field index(视野指数),td=total deviation(总偏差),均为视野检查指标。

C9:怎么用多定义?
选一个下标训练/评测,并声明;或六定义各训一个比较鲁棒性。

C10:可以做多任务联合吗?
可以,检测 + 进展共享主干;注意进展子集是检测集的子集。

D. 方法与评测

D1:论文提出什么方法?
GRSL(Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning)。

D2:GRSL 解决什么?
OCT 数据的跨域泛化差 + 有标签样本稀缺。

D3:主要指标?
AUC 为主,兼报 ACC/F1/Sens-Spec。

D4:怎么评估公平性?
按 race/hispanic/age/male 分层报性能差。

D5:亚组样本量已知吗?
未逐组披露,亚组结论须谨慎。

E. 生产与库内

E1:库内有哪些相关条目?
fairseg(371)、octdl(690)、octid(697)、oct2017(311)、octa-500(341)、retouch(321)、age-as-oct(858)、octa-25k(859)、grape-glaucoma(860)、refuge(62)、refuge2(766)、rim-one(291)、drishti-gs(301)、g1020(764)、deepdrid(211)、idrid(191)。

E2:最容易混的是哪个?
fairseg(371)——同实验室、名字都带 Harvard。

E3:和 REFUGE 什么关系?
互补:REFUGE 是 2D 彩色眼底照片,Harvard-GDP 是 3D OCT。

E4:和 OCTDL 什么关系?
同模态(OCT)但不同数据集;Harvard-GDP 专注青光眼 + 进展。

E5:slug 是什么?
harvard-gdp。

F. 复现与工程细节

F1:厚度图尺寸?
225×225,单通道。

F2:OCT volume 多少 B-scan?
MIRAGE 口径约 200。

F3:设备型号?
Cirrus OCT(Carl Zeiss Meditec, Jena, Germany)。

F4:人口学字段有哪些?
age、male、race、hispanic。

F5:怎么引用?
Luo et al., Harvard Glaucoma Detection and Progression, ICCV 2023, pp. 20471–20482。

事实清单(硬事实 30 条)

  1. 全称:Harvard Glaucoma Detection and Progression。
  2. 别名:Harvard-GDP / Harvard-GDP1000。
  3. 团队:Harvard Ophthalmology AI Lab(OphAI),Schepens Eye Research Institute of Mass Eye and Ear。
  4. 机构:Harvard Medical School。
  5. 作者:Yan Luo*、Min Shi*、Yu Tian*、Tobias Elze、Mengyu Wang。
  6. 邮箱域:@meei.harvard.edu。
  7. 维护联系:harvardophai@gmail.com / harvardairobotics@gmail.com。
  8. 会议:ICCV 2023。
  9. 页码:20471–20482。
  10. arXiv:2308.13411(2023-08-25)。
  11. 官方页:ophai.hms.harvard.edu/datasets/harvard-gdp1000。
  12. GitHub:Harvard-Ophthalmology-AI-Lab/Harvard-GDP。
  13. HF:harvardairobotics/Harvard-GDP。
  14. 患者数:1,000。
  15. 样本数:1,000(一人一例)。
  16. RNFLT 图:1,000 张,225×225。
  17. OCT volume:1,000 个(约 200 B-scans,MIRAGE 口径)。
  18. 设备:Cirrus OCT(Carl Zeiss Meditec, Jena, Germany)。
  19. 检测标签:557 青光眼 / 443 非青光眼(MIRAGE 口径)。
  20. 进展标签:仅前 500 例。
  21. 进展定义数:6。
  22. 进展定义:md / vfi / td_pointwise / md_fast / md_fast_no_p_cut / td_pointwise_no_p_cut。
  23. 人口学字段:age / male / race / hispanic。
  24. 体量:约 2.0 GB。
  25. HF 规模档:n<1K。
  26. 许可:CC BY-NC-ND 4.0。
  27. 方法:GRSL。
  28. 获取入口:HF / Google Drive / 官方申请表。
  29. 库内相关:fairseg(371)、octdl(690)、oct2017(311)、retouch(321)、grape-glaucoma(860)、refuge(62)、rim-one(291)、drishti-gs(301)、deepdrid(211)、g1020(764) 等。
  30. 撞库核查:库内 harvard-gdp = 0 行。

术语表

缩写 全称 中文
OCT Optical Coherence Tomography 光学相干断层扫描
RNFLT Retinal Nerve Fiber Layer Thickness 视网膜神经纤维层厚度
MD Mean Deviation 视野平均缺损
VFI Visual Field Index 视野指数
TD Total Deviation 总偏差
VF Visual Field 视野
GRSL Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning 泛化增强半监督学习
CDR Cup-to-Disc Ratio 杯盘比
AUC Area Under the ROC Curve ROC 曲线下面积
ACC Accuracy 准确率
F1 F1 Score F1 分数
CI Confidence Interval 置信区间
DAIMS Discoverability/Accessibility/Interoperability/Metadata/Sustainability 数据可用性五维
NC Non-Commercial 非商业
ND No-Derivatives 禁演绎
ICCV International Conference on Computer Vision 国际计算机视觉大会
HF HuggingFace 模型/数据集平台
OphAI Ophthalmology AI Lab 眼科 AI 实验室

附录

附录 A:条目信息速查卡

项 值
slug harvard-gdp
全称 Harvard Glaucoma Detection and Progression
论文 ICCV 2023, pp. 20471–20482;arXiv:2308.13411
规模 1,000 患者 / 1,000 样本
模态 3D OCT(225×225 RNFLT + volume)
任务 青光眼检测 + 进展预测
许可 CC BY-NC-ND 4.0
获取 HF / Google Drive / 官方申请表
抓取时点 2026-10-07

附录 B:DAIMS 评估全表

维度 判定 证据 说明
Discoverability(可发现性) ✅ 强 官方页 + GitHub + HF 三处 关键词 “Harvard-GDP” 可检索
Accessibility(可访问性) ⚠️ 中 三入口可达 ND/NC 限制二次使用
Interoperability(互操作性) ✅ 强 标准矩阵 + 字段表 易载入 PyTorch 生态
Metadata(元数据) ✅ 强 README + HF 卡片 + 论文 三处元数据互证
Sustainability(可持续性) ✅ 强 哈佛机构 + GitHub 托管 长期维护
许可开放度 ⚠️ 受限 CC BY-NC-ND 4.0 禁商用禁演绎

综合 AI-Ready 评级:中高——数据与元数据质量高、三入口可达,但许可强限制(NC+ND)与单中心单设备拖低了"可广泛复用"的分数。

附录 C:六种进展定义对照表

下标 字段 依据指标 全局/局部 含 p 值截断
0 md Mean Deviation 全局 是
1 vfi Visual Field Index 全局 是
2 td_pointwise Total Deviation 逐点 局部 是
3 md_fast MD 快速 全局 是
4 md_fast_no_p_cut MD 快速 全局 否
5 td_pointwise_no_p_cut TD 逐点 局部 否

附录 D:获取与使用决策树

你要用 Harvard-GDP 做什么?
├─ 学术研究 / 非营利教学
│   ├─ 只要数据本体 → HF 或 Google Drive(CC BY-NC-ND,记得署名)
│   └─ 需要签协议 → 官方页申请表
└─ 商业用途
    └─ ❌ 不可用(NC 禁止)→ 另找 CC BY 数据集

附录 E:库内互链清单(含 rid)

条目 rid 互链理由
fairseg 371 同实验室 OphAI(防撞对照)
octdl 690 OCT 模态
oct2017 311 OCT 分类
retouch 321 OCT 分割
grape-glaucoma 860 青光眼
refuge 62 青光眼眼底
rim-one 291 视盘
drishti-gs 301 视盘/视杯
deepdrid 211 眼底糖网
g1020 764 青光眼筛查

附录 F:推荐引用格式

@inproceedings{luo2023harvardgdp,
  title     = {Harvard Glaucoma Detection and Progression:
               A Multimodal Multitask Dataset and
               Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning},
  author    = {Luo, Yan and Shi, Min and Tian, Yu and Elze, Tobias and Wang, Mengyu},
  booktitle = {Proceedings of the IEEE/CVF International Conference on Computer Vision (ICCV)},
  pages     = {20471--20482},
  year      = {2023}
}

附录 G:坑点档案(与 §10 对照)

坑 一句话 正确做法
坑 1 误认 1,544 例 2D 眼底 以三源互证 1,000 例 3D OCT 为准
坑 2 与 fairseg 混用 按模态区分(OCT vs 眼底照片)
坑 3 不声明进展下标 写清 progression[(i)]
坑 4 557:443 当主源原生 标注采 MIRAGE 口径
坑 5 以为进展全 1,000 例 进展仅前 500 例
坑 6 忽视 ND 模型可发、改版数据不可发
坑 7 HF 打不开 走 hf-mirror.com
坑 8 漏引论文 引用 ICCV 2023

附录 H:基于本数据集的研究检查清单

  1. 许可核对:你的用途是否落在 NC 之外?超范围先书面确认。
  2. 进展下标声明:任何 progression 结果必须写明用哪个定义。
  3. 样本范围:进展任务只取前 500 例。
  4. 类别不均衡:报 per-class F1,别只看 accuracy。
  5. 口径溯源:557:443 / 200 B-scans 标注 MIRAGE 来源。
  6. 患者级划分:一人一例,按 sample 划分即安全,但仍建议核对。
  7. 公平性分层:亚组结论注明样本量未知的局限。
  8. 多模态选择:说明是否用了 volume、是否融合临床变量。
  9. 单中心局限:跨设备/跨中心结论须外部验证。
  10. 引用完整:数据引 ICCV 2023 论文。
  11. 署名合规:遵守 BY 条款。
  12. 时点存照:记录抓取时点,链接可能漂移。

尾注

本条目为 AI-Ready Wikipedia 数据集条目,生产于 2026-10-07,抓取与核验时点见附录 A。事实陈述以 GitHub 官方仓(Harvard-Ophthalmology-AI-Lab/Harvard-GDP)、ICCV 2023 论文(pp. 20471–20482,arXiv:2308.13411)、HuggingFace 数据集卡与 MIRAGE 综述(arXiv 2506.08900)为源;主源未逐类给出的 557:443、200 B-scans 等细粒度数字已标注采 MIRAGE 口径。与 openmedlab 词条"1,544 例 2D 眼底"的冲突已在坑 1 与 FACTS.md §9 存照。条目与库内 fairseg(rid 371)、octdl(rid 690)、oct2017(rid 311)、retouch(rid 321)、grape-glaucoma(rid 860)、refuge(rid 62)、rim-one(rid 291)、drishti-gs(rid 301)、deepdrid(rid 211)、g1020(rid 764)等条目互链,构成眼科 OCT 与青光眼 AI 家族的检索面。

附录 I:许可条款细读(CC BY-NC-ND 4.0)

条款 完整含义 你能做 你不能做
BY(Attribution) 署名 研究使用并引用论文 不署名使用
NC(NonCommercial) 非商业 学术研究、非营利教学 商业产品、付费服务、商业训练
ND(NoDerivatives) 禁演绎 训练模型、发布模型权重与结果 发布重标注/改写的数据集版本

常见误读澄清:

  • ❌ “我训练了模型,模型就是演绎版,不能发。” → 误。模型权重与结果可以发;ND 管的是数据集本体。
  • ❌ “我在公司里做学术研究就可以商用。” → 灰色。NC 看的是用途性质,公司内研究是否属商业用途需按具体情况与作者确认。
  • ❌ “HF 上能下就是能随便用。” → 误。HF 托管不代表许可宽松,许可仍以 CC BY-NC-ND 为准。

附录 J:数据划分建议

1,000 例规模下,推荐划分方案(仅供选择,非官方):

方案 训练 验证 测试 适用
6:2:2 600 200 200 常规检测基线
5:2.5:2.5 500 250 250 进展任务(前 500 例全部进训练则样本不够,需重新分配)
五折交叉验证 — — — 小样本稳健评估

进展任务特别注意:进展标签仅前 500 例,若这 500 例还要切分训练/验证/测试,每折的正负样本会更少——建议对进展任务只在前 500 例内做划分,并报告每折的正负样本数。

附录 K:人口学亚组评估模板

亚组维度 分组 报告项
race 各族裔组 组内 n、AUC、ACC、F1、与总体差值
hispanic 是/否 同上
age 分箱(如 <60 / 60-75 / >75) 同上
male 男/女 同上

报告纪律:亚组 n 未披露时,任何差值都要标注"亚组样本量未知,差异可能不显著"。不要仅凭小亚组的 AUC 差异下"模型存在歧视"的强结论。

附录 L:与库内 PANDA-PLUS 等条目的生产对照

维度 Harvard-GDP(本条) PANDA-PLUS(对照)
模态 3D OCT 厚度图 病理 WSI
规模 1,000 例 546 WSI
任务 检测 + 进展 像素级分割
许可 CC BY-NC-ND 4.0 三层异构(请求制 + CC BY-4.0)
独特点 六种进展定义 三层注释流水线

共性启示:两个数据集都体现"真实数据 + 多定义/多粒度标注"的现代数据集趋势——承认标注的不确定性并把不确定性显式发布,正在成为高质量数据集的设计范式。

附录 M:检索决策树(关键词组合)

目标 推荐查询式 预期命中
论文 “Harvard Glaucoma Detection and Progression” ICCV arXiv 2308.13411 / ICCV 论文集
数据 site:huggingface.co Harvard-GDP harvardairobotics/Harvard-GDP
官方页 ophai.hms.harvard.edu harvard-gdp1000 官方数据集页
代码 github Harvard-Ophthalmology-AI-Lab Harvard-GDP 官方代码仓
综述引用 “Harvard Glaucoma” MIRAGE OCT dataset MIRAGE(arXiv 2506.08900)
反例(勿用) “Harvard-GDP 1,544 cases fundus” 张冠李戴词条(坑 1)

附录 N:缩写速查

缩写 全称
GDP Glaucoma Detection and Progression
OCT Optical Coherence Tomography
RNFLT Retinal Nerve Fiber Layer Thickness
MD Mean Deviation
VFI Visual Field Index
TD Total Deviation
VF Visual Field
GRSL Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning
OphAI Ophthalmology AI Lab
ICCV International Conference on Computer Vision
DAIMS Discoverability / Accessibility / Interoperability / Metadata / Sustainability
NC / ND NonCommercial / NoDerivatives
AUC Area Under the ROC Curve
CDR Cup-to-Disc Ratio

附录 O:生产档案

  • 生产通道:RSI 闭环写手代理 agent-a-harvardgdp
  • 存在性核验:三源互证(GitHub README + ICCV 论文 arXiv 2308.13411 + MIRAGE arXiv 2506.08900)
  • 事实研究:WebSearch + WebFetch + PDF 全文抓取(pypdf 提取 63,712 字符)
  • 撞库核查:库内 url_name ILIKE '%harvard-gdp%' = 0 行
  • FACTS.md:writing/harvard-gdp/FACTS.md(九节)
  • 成稿方式:五块直写拼接(part1–part5),每块尾部留空行
  • 坑点:§10 八则 + 附录 G 对照
  • 抓取时点:2026-10-07

附录 P:FAIR / AI-Ready 检查单

检查项 状态 说明
F1 全局唯一标识 ✅ ICCV 论文 + 官方页 URL
F2 富元数据 ✅ README + HF 卡片 + 论文
A1 可访问协议 ⚠️ 三入口可达但 ND/NC 限制
A2 元数据可访问 ✅ 元数据始终开放
I1 互操作格式 ✅ 标准矩阵 + 字段表
I2 词汇表引用 ✅ 眼科标准术语
R1 来源溯源 ✅ 机构 + 设备 + 出处明示
R3 可复现流程 ✅ GitHub 代码仓
AI-Ready 综合 中高 数据强、许可受限

附录 Q:更新触发点

  • 触发点 1:官方发布 v2 或新增样本 → 更新 §2.1、§4.2。
  • 触发点 2:主源(README)逐类给出 557:443 → 更新 §5.2 来源标注。
  • 触发点 3:许可变更 → 更新 §6.2、附录 I。
  • 触发点 4:出现新的权威综述给出补充数字 → 更新对应章节并标注来源。
  • 触发点 5:库内 rid 分配完成 → 更新 §9 与相关 rid 标注。

附录 R:引文规范

@inproceedings{luo2023harvardgdp,
  title     = {Harvard Glaucoma Detection and Progression:
               A Multimodal Multitask Dataset and
               Generalization-Reinforced Semi-Supervised Learning},
  author    = {Luo, Yan and Shi, Min and Tian, Yu and Elze, Tobias and Wang, Mengyu},
  booktitle = {Proceedings of the IEEE/CVF International Conference on Computer Vision (ICCV)},
  pages     = {20471--20482},
  year      = {2023}
}

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